სამსახურის საქმიანობის ძირითადი მიმართულებებია:
ა) პერსონალურ მონაცემთა დამუშავების კანონიერების კონტროლი;
ბ) ფარული საგამოძიებო მოქმედებებისა და ელექტრონული კომუნიკაციის მაიდენტიფიცირებელ მონაცემთა ცენტრალურ ბანკში განხორციელებული აქტივობების კონტროლი;
გ) სამართალდამცავი ორგანოს წარმომადგენლის, მოხელის ან მასთან გათანაბრებული პირის მიერ ჩადენილი საქართველოს სისხლის სამართლის კოდექსის 1441−1443 მუხლებით, 332-ე მუხლის მე-3 ნაწილის „ბ“ და „გ“ ქვეპუნქტებით, 333-ე მუხლის მე-3 ნაწილის „ბ“ და „გ“ ქვეპუნქტებით, 335-ე მუხლით ან/და 378-ე მუხლის მე-2 ნაწილით გათვალისწინებული დანაშაულების მიუკერძოებელი და ეფექტიანი გამოძიება, ასევე აღნიშნული პირების მიერ ჩადენილი სხვა დანაშაულების მიუკერძოებელი და ეფექტიანი გამოძიება, რომელმაც გამოიწვია პირის სიცოცხლის მოსპობა და რომლის ჩადენის დროს ეს პირი იმყოფებოდა სახელმწიფოს ეფექტური კონტროლის ქვეშ (შემდგომში – სამსახურის საგამოძიებო ქვემდებარეობისთვის მიკუთვნებული სისხლის სამართლის საქმეები