წყალმომარაგების დეპარტამენტის ძირითადი ფუნქციები და უფლებამოსილებებია:
ა) წყალმომარაგების სექტორში ლიცენზიის გაცემასთან, გაცემული ლიცენზიის გაუქმებასთან ან/და სალიცენზიო პირობების შეცვლასთან, შესრულებასთან და ლიცენზიებთან დაკავშირებული სხვა საკითხების განხილვა, დასკვნების მომზადება, კომისიის სხდომაზე განსახილველად წარდგენა და ამ საკითხებთან დაკავშირებით კომისიის აპარატის სხვა დეპარტამენტებთან თანამშრომლობა;
ბ) კომპეტენციის ფარგლებში, წყალმომარაგების სექტორის ლიცენზიატების მიერ წარმოდგენილი ანგარიშების ანალიზის საფუძველზე შესაბამისი დასკვნების მომზადება;
გ) წყალმომარაგების სექტორში ლიცენზიატების მიერ კანონმდებლობის მოთხოვნების, სალიცენზიო პირობებისა და კომისიის მოთხოვნების შესრულების კონტროლი და საჭიროების შემთხვევაში, ლიცენზიატების შემოწმება; გამოვლენილ დარღვევებზე საქართველოს კანონმდებლობით გათვალისწინებული ღონისძიებების შესახებ წინადადებების შემუშავება და კომისიის სხდომებისთვის შესაბამისი საკითხების მომზადება;
დ) კომპეტენციის ფარგლებში და კომისიის აპარატის შესაბამის დეპარტამენტებთან თანამშრომლობით, წყალმომარაგების სექტორში ლიცენზიატების საინვესტიციო გეგმების ანალიზი, შესაბამისი დასკვნებისა და წინადადებების მომზადება და კომისიისთვის წარდგენა; აგრეთვე, შეთანხმებული გეგმების ფაქტობრივი შესრულების კონტროლი;
ე) წყალმომარაგების სექტორში ნორმატიული დანაკარგების დადგენასთან დაკავშირებით ლიცენზიატების მოთხოვნების განხილვა ან კომისიის ინიციატივით შესაბამისი დოკუმენტაციის ექსპერტიზა და დასკვნების მომზადება, ნორმატიული დანაკარგების ოდენობის გაანგარიშება და შესაბამისი პროექტების მომზადება;
ვ) კომპეტენციის ფარგლებში, წყალმომარაგების სექტორში წარმოშობილი სადავო საკითხების კომისიის სხდომაზე განსახილველად მომზადება;
ზ) სასმელი წყლის ხარჯვის ნორმების შესახებ წინადადებების შემუშავება;
თ) კომპეტენციის ფარგლებში, კომისიის აპარატის შესაბამის სტრუქტურულ ერთეულებთან თანამშრომლობით, კომისიის სამართლებრივი აქტების პროექტების მომზადება და კომისიის სამართლებრივი აქტების შესრულების კონტროლი;
ი) დეპარტამენტის კომპეტენციაში შემავალ საკითხებზე კომისიაში შემოსული კორესპონდენციის განხილვა და მათზე რეაგირება;
კ) კომპეტენციის ფარგლებში, კომისიის, კომისიის თავმჯდომარის ან/და კომისიის წევრის დავალებითა და ამ დებულებით გათვალისწინებული სხვა ფუნქციები და უფლებამოსილებებ