დეპარტამენტის ამოცანების შესასრულებლად ინფრასტრუქტურული პროგრამების მართვის სამმართველოს უფლებამოსილებას მიეკუთვნება:
ა) სააგენტოს ბიუჯეტით დაფინანსებული ინფრასტრუქტურული შინაარსის პროგრამების განხორციელება;
ბ) სააგენტოს ინფრასტრუქტურული შინაარსის პროგრამების მიმართულებით შემოსული კორესპონდენციის შესწავლა, პირველადი ანალიზის განხორციელება;
გ) სამმართველოს უფლებამოსილების ფარგლებში, აფხაზეთის მოსახლეობის მიმართ გადაუდებელი დახმარების გაწევა;
დ) დევნილთა განსახლების ობიექტების სარემონტო-სარეაბილიტაციო სამუშაოების დაგეგმვა და განხორციელება;
ე) სააგენტოს მიერ ინფრასტრუქტურული პროგრამების უზრუნველყოფის მიმართულებით გაწეული საქმიანობის ანგარიშების მომზადება;
ვ) აფხაზეთის მოსახლეობის მონაცემთა ბაზის წარმოებაში მონაწილეობის მიღება;
ზ) სამმართველოს უფლებამოსილების ფარგლებში, სააგენტოსთვის გადმოცემული ჰუმანიტარული ტვირთის მიღებისა და დევნილთა მიზნობრივი ჯგუფებისათვის განაწილების დაგეგმვა, განხორციელების ხელშეწყობა და შესრულების მონიტორინგი;
თ) კანონმდებლობით და სააგენტოს დირექტორის მიერ კანონმდებლობის საფუძველზე განსაზღვრულ სხვა უფლებამოსილებათა განხორციელებ