შიდა აუდიტისა და მონიტორინგის დეპარტამენტის ძირითადი ამოცანებია:
ა) სამინისტროს სისტემის წინაშე არსებული რისკების იდენტიფიცირება და მათი მართვის ხარისხის შეფასება;
ბ) სამინისტროს სისტემაში არსებული სუბიექტების ფინანსური მართვისა და კონტროლის სისტემის ადეკვატურობისა და ეფექტიანობის შეფასება;
გ) სამინისტროს სისტემაში არსებული სუბიექტების აქტივების, სხვა რესურსებისა და ინფორმაციის ადეკვატურად დაცულობის შეფასება;
დ) სამინისტროს სისტემის საქმიანობის გაუმჯობესებისა და მისი მიზნების მიღწევის ხელშეწყობა, სამინისტროს სისტემის საქმიანობის საქართველოს კანონმდებლობასთან შესაბამისობის შეფასება;
ე) სამინისტროს სისტემაში არსებული სუბიექტების ასიგნებების განაწილებისა და ხარჯვის კანონიერების, მიზნობრივი განკარგვის, მატერიალური ფასეულობებისა და სხვა საშუალებათა რაციონალური გამოყენების უზრუნველყოფის მონიტორინგი, შეფასება, შესაძლო დარღვევებისა და ხარვეზების რისკების განსაზღვრა;
ვ) კანონიერების დაცვის კონტროლსა და სხვა მართლსაწინააღმდეგო ქმედებებთან დაკავშირებით სამსახურებრივი შემოწმების განხორციელება;
ზ) საქართველოს კანონმდებლობითა და შიდა აუდიტისა და მონიტორინგის დეპარტამენტის დებულებით განსაზღვრული უფლებამოსილების განხორციელებ