შიდა აუდიტის დეპარტამენტის ძირითადი ამოცანები და ფუნქციებია:
ა) სამინისტროს წინაშე არსებული რისკების დადგენა და მათი მართვის ხარისხის შეფასება;
ბ) სამინისტროს საქმიანობის ეკონომიურობის, ეფექტიანობისა და პროდუქტიულობის გაზრდის მიზნით რეკომენდაციების შემუშავება, ასევე სამინისტროს სტრუქტურული ერთეულების მოთხოვნის შემთხვევაში რეკომენდაციების გაწევა ცალკეულ საკითხებთან დაკავშირებით;
გ) ფინანსური და სხვა ინფორმაციის სანდოობის, სიზუსტისა და სისრულის შეფასება;
დ) ფინანსური მართვისა და კონტროლის სისტემის ადეკვატურობისა და ეფექტიანობის შეფასება;
ე) შიდა აუდიტის ობიექტის მიერ სახსრების, სხვა მატერიალური ფასეულობების, სახელმწიფოს ქონებრივი ღირებულების არამატერიალური სიკეთეების ხარჯვის, გამოყენების, მართვისა და დაცვის კანონიერებისა და მიზნობრიობის შესწავლა და ანალიზი;
ვ) საბიუჯეტო პროგრამების შედგენის, საინვესტიციო, ფინანსური, ადამიანური, მატერიალური და სხვა რესურსების გამოყენებისა და მართვის სფეროში განხორციელებული საქმიანობისა და მიღებული გადაწყვეტილებების ეკონომიურობის, ეფექტიანობისა და პროდუქტიულობის ანალიზი და შეფასება;
ზ) შიდა აუდიტის ობიექტის (სამინისტროს აპარატის სტრუქტურული ერთეულები, სამინისტროს სისტემაში შემავალი დაწესებულებები, აჭარის ავტონომიური რესპუბლიკის წილობრივი მონაწილეობით მოქმედი საწარმოები) ბუღალტრული აღრიცხვისა და ფინანსური ანგარიშგების შემოწმება საქართველოს კანონმდებლობასთან და სტანდარტებთან მათი შესაბამისობის დადგენის მიზნით;
თ) ინფორმაციული ტექნოლოგიების ადეკვატურობისა და სისტემის უსაფრთხოების დაცულობის შემოწმება და შეფასება სისტემის კონფიდენციალურობის, მთლიანობის და ინფორმაციის ხელმისაწვდომობის უზრუნველყოფის მიზნით;
ი) სამინისტროს აპარატის სტრუქტურული ერთეულების, სამინისტროს სისტემაში შემავალი დაწესებულებების, აჭარის ავტონომიური რესპუბლიკის წილობრივი მონაწილეობით მოქმედი საწარმოების მიერ სამართლებრივი აქტების მოთხოვნათა დაცვის კონტროლი;
კ) სამინისტროს პროგრამების შესრულების მონიტორინგი;
ლ) სამინისტროს სისტემაში სამსახურებრივი გადაცდომის ან/და სამინისტროს მიზნებთან შეუსაბამო ქმედების არსებობის შემოწმებისა და გამოვლენის მიზნით ინსპექტირების ჩატარება, ინსპექტირების დასკვნის მომზადება და მინისტრისთვის წარდგენა;
მ) სამინისტროს სისტემაში სამსახურებრივი გადაცდომის ან/და სამინისტროს მიზნებთან შეუსაბამო ქმედების თაობაზე ინფორმაციის შემცველი განცხადებებისა და წერილების შესწავლის შედეგად დასკვნის მომზადება და მინისტრისთვის წარდგენა;
ნ) სამინისტროს აპარატის სტრუქტურული ერთეულების, სამინისტროს სისტემაში შემავალი დაწესებულებების, აჭარის ავტონომიური რესპუბლიკის წილობრივი მონაწილეობით მოქმედი საწარმოების ფუნქციონირების სამართლებრივი, ტექნიკური და ფუნქციური ხარვეზების გამოვლენა;
ო) სამინისტროს სისტემაში ხარვეზების გამომწვევი და ხელშემწყობი მიზეზების დადგენა და პრევენციული ღონისძიებების განხორციელება;
პ) სამინისტროს მოსამსახურეთა მიერ დისციპლინის დაცვის კონტროლი;
ჟ) სამინისტროს მოსამსახურეების ინტერესთა კონფლიქტის ფაქტების გამოვლენის შემთხვევაში შესაბამისი რეაგირება;
რ) სამინისტროს სისტემაში სამსახურებრივი ეთიკის ნორმების შესრულებაზე კონტროლისა და ზედამხედველობის განხორციელება;
ს) მინისტრის ცალკეული დავალებების, „სახელმწიფო შიდა ფინანსური კონტროლის შესახებ“ საქართველოს კანონისა და მოქმედი კანონმდებლობით გათვალისწინებული სხვა ფუნქციების განხორციელება.