საბუღალტრო აღრიცხვის განყოფილების ამოცანები და ფუნქციებია:
ა) საბუღალტრო აღრიცხვის სწორი ორგანიზაციის უზრუნველყოფა მოქმედი კანონმდებლობის შესაბამისად;
ბ) კონტროლი ფულადი სახსრებისა და მატერიალურ ფასეულობათა მიზნობრივი დანიშნულებით გამოყენებაზე;
გ) ეკონომიკური მოვლენების აღრიცხვა ბიუჯეტიდან მიღებული და კანონმდებლობით განსაზღვრული დაფინანსების სხვა წყაროების მიხედვით;
დ) თანამშრომელთა შრომის ანაზღაურების და სხვა გასაცემლების დროული დარიცხვა და კონტროლი გაცემაზე;
ე) იურიდიულ და ფიზიკურ პირებთან სამეურნეო ოპერაციების შედეგად ანგარიშსწორებათა სრული და დროული აღრიცხვა;
ვ) არაფინანსური და ფინანსური აქტივებისა (ვალდებულებების) და სხვა დებიტორული (კრედიტორული) დავალიანებების ინვენტარიზაციაში მონაწილეობა და ინვენტარიზაციის შედეგების აღრიცხვაში ასახვა;
ზ) დამტკიცებული ფორმით ფინანსური ანგარიშგების დადგენილ ვადებში შედგენა;
თ) ბუღალტრული აღრიცხვის მატერიალური/ელექტრონული ფორმის დოკუმენტების დადგენილი წესით შენახვა და არქივში ჩაბარება;
ი) სამინისტროს სისტემაში შემავალი დაწესებულებების კვარტალური და წლიური ბალანსების მიღება-შემოწმების უზრუნველყოფა და მეთოდური დახმარების გაწევა; კანონმდებლობით დადგენილი ფინანსური ანგარიშგების ფორმების მომზადება და დანიშნულებისამებრ წარდგენა;
კ) მინისტრის ცალკეული დავალებებისა და მოქმედი კანონმდებლობით გათვალისწინებული სხვა ფუნქციების განხორციელებ