შიდა აუდიტის დეპარტამენტის ძირითადი ამოცანები და ფუნქციებია:
ა) სამინისტროს სისტემის საქმიანობის გაუმჯობესება და მისი მიზნების მიღწევის ხელშეწყობა შემდეგი საქმიანობის განხორციელებით:
ა.ა) სამინისტროს წინაშე არსებული რისკების მართვის ხარისხის შეფასება;
ა.ბ) ფინანსური მართვისა და კონტროლის სისტემის ადეკვატურობისა და ეფექტიანობის შეფასება;
ა.გ) სამინისტროს საქმიანობის საქართველოს კანონმდებლობასთან, არსებულ წესებსა და მარეგულირებელ აქტებთან შესაბამისობის შეფასება;
ა.დ) სამინისტროს საქმიანობის ეკონომიურობის, ეფექტიანობისა და პროდუქტიულობის გაზრდის მიზნით, რეკომენდაციების შემუშავება;
ა.ე) ფინანსური და სხვა ინფორმაციის სანდოობის, სიზუსტისა და სისრულის შეფასება;
ა.ვ) სამინისტროს აქტივების, სხვა რესურსებისა და ინფორმაციის ადეკვატურად დაცულობის შეფასება;
ა.ზ) სხვა საქმიანობები, რომლებიც გამომდინარეობს სამინისტროს საქმიანობის სპეციფიკიდან და არ ეწინააღმდეგება საქართველოს კანონმდებლობას, „სახელმწიფო შიდა ფინანსური კონტროლის შესახებ“ საქართველოს კანონის მიზნებსა და შიდა აუდიტორის დამოუკიდებლობის პრინციპებს;
ბ) სამსახურებრივი გადაცდომის ან/და დაწესებულების მიზნებთან შეუსაბამო ქმედების არსებობის შემოწმება და მისი აღმოჩენის მიზნით განხორციელებული სამსახურებრივი შემოწმების შემდეგი ღონისძიებები:
ბ.ა) სამინისტროს სისტემაში კანონმდებლობის მოთხოვნათა დაცვისა და შესრულების კონტროლის განხორციელება, მოსალოდნელი დარღვევების ან/და ხარვეზების ანალიზი და მათი პრევენცია;
ბ.ბ) სამინისტროს სისტემაში თანამშრომელთა მიერ სამსახურებრივი გადაცდომის ფაქტების სამსახურებრივი შემოწმების ჩატარება, შემოწმების შესახებ დასკვნის შედგენა და ხელმძღვანელობისათვის წარდგენა;
ბ.გ) სამინისტროს სისტემის თანამშრომელთა მიერ კანონმდებლობის დარღვევის ფაქტების ხელშემწყობი მიზეზების დადგენისა და პრევენციის, სამინისტროს სისტემაში აღმოჩენილი ხარვეზებისა და მათი გამომწვევი მიზეზების აღმოფხვრის მიზნით მინისტრისათვის შესაბამისი რეკომენდაციების მიწოდება;
ბ.დ) სამინისტროს სისტემის თანამშრომელთა მიერ სამსახურებრივი ეთიკის ნორმების შესრულების კონტროლი;
ბ.ე) სამსახურებრივი შემოწმების შედეგად დანაშაულის ნიშნების აღმოჩენის შემთხვევაში, მინისტრთან შეთანხმებით, მასალების შესაბამის ორგანოში გადაგზავნა;
ბ.ვ) დეპარტამენტის „ცხელი ხაზის“ ფუნქციონირების უზრუნველყოფ