შიდა აუდიტის სამმართველოს ფუნქციებია:
ა) სააგენტოს წინაშე არსებული რისკების მართვის ხარისხის შეფასება;
ბ) სააგენტოს საქმიანობის ეკონომიურობის, ეფექტიანობისა და პროდუქტიულობის გაზრდის მიზნით რეკომენდაციების შემუშავება;
გ) ფინანსური და სხვა ინფორმაციის სანდოობის, სიზუსტისა და სისრულის შეფასება;
დ) სააგენტოს აქტივების, სხვა რესურსებისა და ინფორმაციის ადეკვატურად დაცულობის შეფასება;
ე) სააგენტოს ბუღალტრული აღრიცხვისა და ფინანსური ანგარიშგების შემოწმება საქართველოს კანონმდებლობასა და სტანდარტებთან შესაბამისობის დადგენის მიზნით (ფინანსური აუდიტი);
ვ) ფინანსური მართვისა და კონტროლის სისტემის ადეკვატურობისა და ეფექტიანობის შეფასება (სისტემური აუდიტი);
ზ) სააგენტოს მიერ განხორციელებული ღონისძიებების, ოპერაციების, პროგრამების, სააგენტოს ორგანიზაციული მოწყობისა და სისტემების ობიექტური და საიმედო შეფასება მათი ეკონომიურობის, პროდუქტიულობისა და ეფექტიანობის პრინციპებთან შესაბამისობის დადგენისა და გაუმჯობესების პოტენციალის გამოვლენის მიზნით (ეფექტიანობის აუდიტი);
თ) სააგენტოს მიერ განხორციელებული ღონისძიებების, ოპერაციების, პროგრამების, სააგენტოს ორგანიზაციული მოწყობისა და სისტემების არსებულ კანონმდებლობასთან შესაბამისობის შემოწმება და შეფასება (შესაბამისობის აუდიტი);
ი) აუდიტორული შემოწმების შედეგების ანგარიშში ასახვა და ამ ანგარიშის საფუძველზე შესაბამისი რეკომენდაციების გაცემა;
კ) შემუშავებული რეკომენდაციების შესრულების სამოქმედო გეგმის რეალიზაციის მონიტორინგი;
ლ) შიდა აუდიტორული საქმიანობის შესახებ სააგენტოს დირექტორის პერიოდულ ინფორმირება;
მ) სამინისტროს შიდა აუდიტის დეპარტამენტთან საქმიანობის კოორდინაცია, საქართველოს კანონმდებლობით დადგენილი წესით;
ნ) „სახელმწიფო შიდა ფინანსური კონტროლის შესახებ“ საქართველოს კანონით და სხვა შესაბამისი ნორმატიული აქტებით განსაზღვრულ სხვა უფლება-მოვალეობების, აგრეთვე, სხვა საქმიანობის განხორციელება, რომელიც გამომდინარეობს სააგენტოს ინტერესებიდან და არ ეწინააღმდეგება „სახელმწიფო შიდა ფინანსური კონტროლის შესახებ“ საქართველოს კანონის მიზნებსა და შიდა აუდიტორის დამოუკიდებლობის პრინციპებ