შიდა აუდიტის სამმართველოს  ფუნქციებია:

ა) სააგენტოს წინაშე არსებული რისკების მართვის ხარისხის შეფასება;

ბ) სააგენტოს საქმიანობის ეკონომიურობის, ეფექტიანობისა და პროდუქტიულობის გაზრდის მიზნით რეკომენდაციების შემუშავება;

გ) ფინანსური და სხვა ინფორმაციის სანდოობის, სიზუსტისა და სისრულის შეფასება;

დ) სააგენტოს აქტივების, სხვა რესურსებისა და ინფორმაციის ადეკვატურად დაცულობის შეფასება;

ე) სააგენტოს ბუღალტრული აღრიცხვისა და ფინანსური ანგარიშგების შემოწმება საქართველოს კანონმდებლობასა და სტანდარტებთან შესაბამისობის დადგენის მიზნით (ფინანსური აუდიტი);

ვ) ფინანსური მართვისა და კონტროლის სისტემის ადეკვატურობისა და ეფექტიანობის შეფასება (სისტემური აუდიტი);

ზ) სააგენტოს მიერ განხორციელებული ღონისძიებების, ოპერაციების, პროგრამების, სააგენტოს ორგანიზაციული მოწყობისა და სისტემების ობიექტური და საიმედო შეფასება მათი ეკონომიურობის, პროდუქტიულობისა და ეფექტიანობის პრინციპებთან შესაბამისობის დადგენისა და გაუმჯობესების პოტენციალის გამოვლენის მიზნით  (ეფექტიანობის აუდიტი);

თ) სააგენტოს მიერ განხორციელებული ღონისძიებების, ოპერაციების, პროგრამების, სააგენტოს ორგანიზაციული მოწყობისა და სისტემების არსებულ კანონმდებლობასთან შესაბამისობის შემოწმება და შეფასება (შესაბამისობის აუდიტი);

ი) აუდიტორული შემოწმების შედეგების ანგარიშში ასახვა და ამ ანგარიშის საფუძველზე შესაბამისი რეკომენდაციების გაცემა;

კ) შემუშავებული რეკომენდაციების შესრულების სამოქმედო გეგმის რეალიზაციის მონიტორინგი;

ლ) შიდა აუდიტორული საქმიანობის შესახებ სააგენტოს დირექტორის პერიოდულ ინფორმირება;

მ) სამინისტროს შიდა აუდიტის დეპარტამენტთან საქმიანობის კოორდინაცია, საქართველოს კანონმდებლობით დადგენილი წესით;

ნ) „სახელმწიფო შიდა ფინანსური კონტროლის შესახებ“ საქართველოს კანონით და სხვა შესაბამისი ნორმატიული აქტებით განსაზღვრულ სხვა უფლება-მოვალეობების, აგრეთვე, სხვა საქმიანობის განხორციელება, რომელიც გამომდინარეობს სააგენტოს ინტერესებიდან და არ ეწინააღმდეგება „სახელმწიფო შიდა ფინანსური კონტროლის შესახებ“ საქართველოს კანონის მიზნებსა და შიდა აუდიტორის დამოუკიდებლობის პრინციპებ