1. შიდა აუდიტის სამსახურის ამოცანებია:
ა) სააგენტოს მიერ დასახული სტრატეგიული მიზნებისა და ამოცანების შესრულების ხელშეწყობა;
ბ) სააგენტოს თავმჯდომარისთვის სანდო და ამომწურავი ინფორმაციის მიწოდება სააგენტოში არსებული მართვისა და კონტროლის მექანიზმების ადეკვატურობის, ეკონომიურობის, ეფექტიანობის, პროდუქტიულობის მოქმედ სტანდარტებთან და საქართველოს კანონმდებლობასთან შესაბამისობის შესახებ.
2. სამსახურის ძირითადი ფუნქციებია:
ა) სააგენტოს წინაშე არსებული რისკების მართვის ხარისხის შეფასება;
ბ) ფინანსური მართვისა და კონტროლის სისტემის ადეკვატურობისა და ეფექტიანობის შეფასება;
გ) სააგენტოს საქმიანობის საქართველოს კანონმდებლობასთან, არსებულ წესებთან და მარეგულირებელ აქტებთან შესაბამისობის შეფასება;
დ) სააგენტოს საქმიანობის ეკონომიურობის, ეფექტიანობისა და პროდუქტიულობის გაზრდის მიზნით რეკომენდაციების შემუშავება;
ე) ფინანსური და სხვა ინფორმაციის სანდოობის, სიზუსტისა და სისრულის შეფასება;
ვ) აქტივების, სხვა რესურსებისა და ინფორმაციის ადეკვატურად დაცულობის შეფასება;
ზ) სააგენტოში შიდა აუდიტორული შემოწმების განხორციელება აუდიტის შემდეგი სახეების გამოყენებით: სისტემური აუდიტი, შესაბამისობის აუდიტი, ეფექტიანობის აუდიტი, ფინანსური აუდიტი და ინფორმაციული ტექნოლოგიების აუდიტი;
თ) უფლებამოსილების ფარგლებში კორესპონდენციის განხილვა და სათანადო რეაგირებ