ეკონომიკური და ლოგისტიკის დეპარტამენტის  ფუნქციებია:

ა) სააგენტოს საშუალოვადიანი სამოქმედო გეგმის შედგენა და საქართველოს კანონმდებლობით დადგენილი წესით და ვადებში სამინისტროსთვის წარდგენის ორგანიზება;

ბ) სააგენტოს შესაბამისი დანაყოფების მოთხოვნების გათვალისწინებით ყოველწლიური ბიუჯეტის პროექტის შედგენა, სამინისტროსთან შეთანხმების ორგანიზება და სააგენტოს დირექტორისათვის დასამტკიცებლად წარდგენა;

გ) წლიური ბიუჯეტის დამტკიცებამდე გასული, მიმდინარე და დასაგეგმი წლის ბიუჯეტების თაობაზე შესაბამისი ანალიზის მომზადება და სააგენტოს ხელმძღვანელისათვის წარდგენა;

დ) დამტკიცებული ბიუჯეტის კვარტალური განწესის მომზადება და სამინისტროში წარდგენის ორგანიზება;

ე) საქართველოს კანონმდებლობის გათვალისწინებით, საჭიროებიდან გამომდინარე, წლის განმავლობაში სააგენტოს დამტკიცებულ ბიუჯეტში შესაბამისი ცვლილებების მომზადება და სამინისტროსთან შეთანხმების ორგანიზება;

ვ) სააგენტოს ბიუჯეტის ანგარიშების (ყოველთვიური, კვარტალური) მომზადება და საქართველოს კანონმდებლობით დადგენილი წესით და ვადებში სამინისტროსთვის წარდგენის ორგანიზება;

ზ) საქართველოს კანონმდებლობის შესაბამისად სააგენტოს საშტატო განრიგით გათვალისწინებული თანამდებობებისთვის შესაბამისი  სარგოების  განსაზღვრაში მონაწილეობის მიღება;

თ) სააგენტოს საშტატო-საორგანიზაციო ცვლილებების პროექტების განხილვა და მათი ფინანსური გაანგარიშებების მომზადება;

ი) საქართველოს კანონმდებლობის შესაბამისად საბუღალტრო აღრიცხვის წარმოება, ანგარიშგება;

კ) სააგენტოს საქმიანობის ფინანსური უზრუნველყოფა; სააგენტოს და მისი სტრუქტურული ერთეულების ფინანსური საქმიანობის კოორდინაცია და მართვა; საბუღალტრო აღრიცხვის პოლიტიკის განსაზღვრა და მისი სწორად ორგანიზება;

ლ) საქართველოს კანონმდებლობის შესაბამისად სააგენტოს პირადი შემადგენლობისათვის სოციალური ხარჯების დარიცხვა;

მ) ბუღალტრული დოკუმენტების, აღრიცხვის, რეგისტრირების, ხარჯთა ნუსხის და სხვა დოკუმენტაციის შენახვა და დადგენილი წესით მათი არქივში ჩაბარება;

ნ) სააგენტოს სახელმწიფო შესყიდვების წლიური გეგმისა და განხორციელებული შესყიდვების ანგარიშების მომზადება, მათი სახელმწიფო შესყიდვების სააგენტოში წარდგენა;

ო) საქართველოს კანონმდებლობით განსაზღვრული წესით, სააგენტოს სახელით  შესყიდვების პროცედურების განხორციელება;

პ) „სახელმწიფო შესყიდვების შესახებ“ საქართველოს კანონით გათვალისწინებულ სხვა პროცედურების განხორციელება;

ჟ) სააგენტოს მიერ განხორციელებულ სახელმწიფო შესყიდვებთან დაკავშირებული დოკუმენტაციის შენახვა და დადგენილი წესით მათი არქივში ჩაბარება;

რ) საქართველოს კანონმდებლობის შესაბამისად სახელმწიფო შესყიდვების განხორციელება;

ს) სააგენტოსათვის მოწოდებული საქონლის ინსპექტირება და საგარანტიო მომსახურების შესრულების კონტროლი;

ტ) საქართველოს  კანონმდებლობის შესაბამისად, კომპეტენციის ფარგლებში სააგენტოს მატერიალური უზრუნველყოფა, ეკონომიკური კლასიფიკაციის მიხედვით სახსრების ხარჯვის კონტროლის განხორციელება;

უ) სააგენტოს სტრუქტურული ერთეულებისათვის საჭირო სახარჯი სპეციალური საშუალებების (ეკიპირება, საწვავი, საჭირო ინვენტარი, ტექნიკა, აპარატურა, საკანცელარიო და სხვა სამეურნეო საქონელი, მკაცრი აღრიცხვისა და სხვა სახის ბლანკები, სანომრე ნიშნები, ტრანსპორტის სარეგისტრაციო მოწმობები, მართვის მოწმობების ბლანკები და ა.შ.) მიღება, შენახვა, აღრიცხვა და დადგენილი წესით დანაყოფებისათვის გადაცემა;

ფ) საწყობში შემოსული და გასული საქონლის აღრიცხვა დასახელებისა და რაოდენობის მიხედვით;

ქ) იურიდიული და ფიზიკური პირებისაგან სააგენტოსთვის უსასყიდლოდ გადმოცემული ნებისმიერი სახეობის მატერიალური ფასეულობის აღრიცხვა;

ღ) საქართველოს კანონმდებლობით დადგენილი წესით ჩამოწერილი იარაღის ჩაბარება, აგრეთვე შეიარაღების, ტექნიკის, ინვენტარის, ექსპლუატაციაში არსებული სხვა მატერიალური ფასეულობების დადგენილი წესით აღრიცხვა;

ყ) თავისი კომპეტენციის ფარგლებში სააგენტოზე განპირობებული სამსახურებრივ-საშტატო იარაღისა და საბრძოლო მასალების აღრიცხვა, შენახვა და სააგენტოს დირექტორის ბრძანების საფუძველზე საქართველოს  კანონმდებლობით განსაზღვრული წესით თანამშრომლებზე გაცემა;

შ) სააგენტოს ბალანსზე რიცხული ქონების მართვის, განკარგვისა და სარგებლობაში   გადაცემის საკითხების ორგანიზაციულ უზრუნველყოფა, საქართველოს კანონმდებლობით დადგენილი  წესით;

ჩ) საქართველოს  კანონმდებლობის შესაბამისად სააგენტოს ბალანსზე არსებული ან/და გადმოცემული ქონების სარგებლობაში გადაცემისა და განკარგვისათვის შესაბამისი დოკუმენტაციის მომზადება;

ც) ქონების გადაცემისას სახელმწიფო კონტროლის განმახორციელებელ და სხვა შესაბამის სახელმწიფო ორგანოსთან დადგენილი წესით საკითხის შეთანხმებისათვის შესაბამისი დოკუმენტაციის მომზადება;

ძ) შენობა-ნაგებობების ასაშენებლად შესაბამისი ნებართვების მიღება და დოკუმენტაციის მომზადება, სათანადო სახელმწიფო დაწესებულებებთან შეთანხმება; ასევე, დასრულებული შენობა-ნაგებობების დადგენილ ვადაში ექსპლუატაციაში მიღების უზრუნველყოფა;

წ) უძრავი ქონების რეგისტრაციისათვის საჭირო დოკუმენტაციის მომზადება და შესაბამის  დაწესებულებაში წარდგენა;

ჭ) სააგენტოს შესაბამისი კომისიისათვის ძირითადი საშუალებებისა და სასაქონლო მატერიალური ფასეულობების ინვენტარიზაციის   ჩატარების ორგანიზებაში ხელშეწყობა, საქართველოს კანონმდებლობით დადგენილი წესითა და ვადით;

ხ) სააგენტოს გამგებლობაში არსებული გამოუსადეგარი (ამორტიზებული) შენობა-ნაგებობებისა და სხვა გამოუსადეგარ (ზღვრულ) მდგომარეობამდე მიყვანილი, გამოუყენებელი ძირითადი აქტივების ჩამოწერა და განკარგვასთან დაკავშირებული დოკუმენტაციის მომზადება შესაბამისი კომისიების მუშაობის უზრუნველსაყოფად;

ჯ) სააგენტოს ბალანსზე რიცხული შენობა-ნაგებობების ექსპლუატაციასთან დაკავშირებული კომუნალური და სხვა სახის ხარჯების აღრიცხვა;

ჰ) საჭიროების შემთხვევაში ინვენტარიზაციის პროცესში მონაწილება;

ჰ1) სააგენტოს ბალანსზე არსებული შენობა-ნაგებობების სწორი ექსპლუატაციისა და ტექნიკის უსაფრთხოების  დაცვის კონტროლი;

ჰ2) სააგენტოს კუთვნილი სატრანსპორტო საშუალებების მიღება და ექსპლუატაციის ორგანიზება;

ჰ3) სააგენტოს კუთვნილი სატრანსპორტო საშუალებების აღრიცხვაზე აყვანა და აღრიცხვიდან მოხსნა;

ჰ4) სააგენტოს კუთვნილი სატრანსპორტო საშუალებების ტექნიკურ გამართულობასა და მატერიალურ პასუხისმგებლობაზე კონტროლი, პერიოდული დათვალიერება დროული შეკეთების მიზნით;

ჰ5) სატრანსპორტო საშუალებების საჭირო სათადარიგო ნაწილებითა და საწვავ-საცხები მასალით მომარაგებას დადგენილი წესით, სარემონტო სამუშაოების ორგანიზება, ჩატარებული სარემონტო სამუშაოების აღრიცხვა-კონტროლი;

ჰ6) მექანიკური სატრანსპორტო საშუალების სანომრე ნიშნების დამზადება, დაკარგულის ან დაზიანებულის აღდგენა და უფლებამოსილ პირებზე გადაცემა; დამზადებული და დასამზადებელი სანომრე ნიშნების აღრიცხვა და მათ შესახებ დადგენილი წესით ინფორმაციის გაცემა;

ჰ7) ამ დებულებითა და საქართველოს კანონმდებლობით განსაზღვრული სხვა უფლებამოსილებების განხორციელება