საგადასახადო და საბაჟო პოლიტიკის დეპარტამენტის ძირითადი ამოცანები და ფუნქციებია:
ა) ქვეყნის საგადასახადო და საბაჟო პოლიტიკის ძირითადი მიმართულებების განსაზღვრა;
ბ) საქართველოს საბაჟო საზღვარზე საქონლის გადაადგილებასთან დაკავშირებულ ღონისძიებათა ძირითადი მიმართულებების განსაზღვრა;
გ) საგადასახადო და საბაჟო პოლიტიკის სრულყოფის მიზნით შესაბამისი საკანონმდებლო და კანონქვემდებარე აქტების პროექტების მომზადება;
დ) ქვეყნის ეკონომიკის სტიმულირების მიზნით, საგადასახადო და საბაჟო ბერკეტების მუდმივი ძიება და სწორი შერჩევა;
ე) საგადასახადო კანონმდებლობაში ინიციირებული ცვლილებების ტესტირება და მოდელირება;
ვ) საგადასახადო კანონმდებლობაში ინიციირებული წინადადებების განხილვისა და შერჩევის პროცესის კოორდინაცია, ყველა საჭირო მხარის ჩართულობით;
ზ) საგადასახადო კანონმდებლობაში შეტანილი ცვლილებების შეფასება, მიღებული შედეგების ანალიზი და რეაგირების ღონისძიებების დაგეგმვა/განხორციელება;
თ) საგადასახადო კანონმდებლობის ვაჭრობის მსოფლიო ორგანიზაციის მოთხოვნებთან შესაბამისობისა და ევროკავშირის კანონმდებლობასთან ჰარმონიზაციის შესახებ წინადადებათა მომზადება;
ი) მოსაკრებლების სფეროში სათანადო საკანონმდებლო აქტების პროექტების შემუშავება;
კ) შემოსავლებსა და კაპიტალზე ორმაგი დაბეგვრის თავიდან აცილებისა და გადასახადების გადაუხდელობის აღკვეთის შესახებ ორმხრივი და მრავალმხრივი შეთანხმებების პროექტების მომზადება, შესაბამისი მოლაპარაკებების წარმართვა, შეთანხმებების დადების და კანონმდებლობით გათვალისწინებულ სხვა მოქმედებათა კოორდინაცია;
ლ) საგადასახადო და საბაჟო სფეროებში გასაფორმებელ საერთაშორისო შეთანხმებათა პროექტების მომზადების, შეთანხმებების დადებისა და კანონმდებლობით გათვალისწინებულ სხვა მოქმედებათა კოორდინაცია;
მ) კომპეტენციის ფარგლებში საბაჟო და საგადასახადო სფეროებში არსებულ საერთაშორისო ორგანიზაციებთან თანამშრომლობის ორგანიზება;
ნ) თავისი კომპეტენციის ფარგლებში საქართველოს საგადასახადო კანონმდებლობით განსაზღვრული ფუნქციების განხორციელებ