საგადასახადო და საბაჟო პოლიტიკის  დეპარტამენტის ძირითადი ამოცანები და ფუნქციებია:

ა) ქვეყნის საგადასახადო და საბაჟო პოლიტიკის ძირითადი მიმართულებების განსაზღვრა;

ბ) საქართველოს საბაჟო საზღვარზე საქონლის გადაადგილებასთან დაკავშირებულ ღონისძიებათა ძირითადი მიმართულებების განსაზღვრა;

გ) საგადასახადო და საბაჟო პოლიტიკის სრულყოფის მიზნით შესაბამისი საკანონმდებლო და კანონქვემდებარე აქტების პროექტების მომზადება;

დ) ქვეყნის ეკონომიკის სტიმულირების მიზნით, საგადასახადო და საბაჟო ბერკეტების მუდმივი ძიება და სწორი შერჩევა;

ე) საგადასახადო კანონმდებლობაში ინიციირებული ცვლილებების ტესტირება და მოდელირება;

ვ) საგადასახადო კანონმდებლობაში ინიციირებული წინადადებების განხილვისა და შერჩევის პროცესის კოორდინაცია, ყველა საჭირო მხარის ჩართულობით;

ზ)  საგადასახადო  კანონმდებლობაში შეტანილი ცვლილებების შეფასება, მიღებული შედეგების ანალიზი და რეაგირების ღონისძიებების დაგეგმვა/განხორციელება;

თ) საგადასახადო კანონმდებლობის ვაჭრობის მსოფლიო ორგანიზაციის მოთხოვნებთან შესაბამისობისა და ევროკავშირის კანონმდებლობასთან ჰარმონიზაციის შესახებ წინადადებათა მომზადება;

ი) მოსაკრებლების სფეროში სათანადო საკანონმდებლო აქტების პროექტების შემუშავება;

კ) შემოსავლებსა და კაპიტალზე ორმაგი დაბეგვრის თავიდან აცილებისა და გადასახადების გადაუხდელობის აღკვეთის შესახებ ორმხრივი და მრავალმხრივი შეთანხმებების პროექტების მომზადება, შესაბამისი მოლაპარაკებების წარმართვა, შეთანხმებების დადების და კანონმდებლობით გათვალისწინებულ სხვა მოქმედებათა კოორდინაცია;

ლ) საგადასახადო და საბაჟო სფეროებში გასაფორმებელ საერთაშორისო შეთანხმებათა პროექტების მომზადების, შეთანხმებების დადებისა და კანონმდებლობით გათვალისწინებულ სხვა მოქმედებათა კოორდინაცია;

მ) კომპეტენციის ფარგლებში საბაჟო და საგადასახადო სფეროებში არსებულ საერთაშორისო ორგანიზაციებთან თანამშრომლობის ორგანიზება;

ნ) თავისი კომპეტენციის ფარგლებში საქართველოს საგადასახადო კანონმდებლობით განსაზღვრული ფუნქციების განხორციელებ