სააგენტოს მაკონტროლებელი ორგანოა ქალაქ თბილისის მთავრობა, რომელიც სარგებლობს ყველა იმ უფლებით, რაც „საჯარო სამართლის იურიდიული პირის შესახებ” საქართველოს კანონის შესაბამისად გააჩნია სახელმწიფო კონტროლის განმახორციელებელ ორგანოს