აპარატს ხელმძღვანელობს საბჭოს მდივანი, რომელსაც თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს პრეზიდენტი.

საბჭოს მდივანი:

ა) უზრუნველყოფს საბჭოს მუშაობის ორგანიზებას;

ბ) ხელმძღვანელობს საბჭოს აპარატს;

გ) ამზადებს საბჭოს სხდომებს;

დ) აკონტროლებს სახელმწიფოს თავდაცვისა და უშიშროების საკითხებზე პრეზიდენტის ბრძანებულებების, განკარგულებებისა და სხვა აქტების შესრულებას;

ე) წარმართავს აპარატის საქმიანობას, ახორციელებს აპარატის თანამდებობის პირთა გადაწყვეტილებებისა და საქმიანობის სამსახურებრივ ზედამხედველობას;

ვ) საქართველოს კანონმდებლობის შესაბამისად, თავისი კომპეტენციის ფარგლებში გამოსცემს სამართლებრივ აქტებს, აწესებს მათი შესრულების კონტროლს;

ზ) თავისი კომპეტენციის ფარგლებში ხელს აწერს სამსახურებრივ დოკუმენტებს;

თ) პრეზიდენტს დასანიშნად წარუდგენს საბჭოს მდივნის მოადგილეების კანდიდატურებს;

ი) თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს აპარატის დამხმარე და შტატგარეშე მოსამსახურეებს;

კ) უფლებამოსილია შექმნას საკონკურსო-საატესტაციო კომისია;

ლ) დადგენილი წესით იღებს გადაწყვეტილებას აპარატის მოხელეთა წახალისებისა და დისციპლინური პასუხისმგებლობის შესახებ;

მ) ამტკიცებს აპარატის შინაგანაწესს;

ნ) დადგენილი წესით ანიჭებს აპარატში მომუშავე საჯარო მოხელეებს საჯარო სამსახურის შესაბამის საკლასო ჩინებს;

ო) განსაკუთრებული დამსახურებისათვის წარადგენს აპარატის თანამშრომლებს სახელმწიფო ჯილდოზე;

პ) წარადგენს წინადადებებს აპარატის წლიური ბიუჯეტის შემოსავლისა და გასავლის საკითხების შესახებ და, აუცილებლობის შემთხვევაში, ბიუჯეტიდან დამატებითი სახსრების გამოყოფის თაობაზე;

ჟ) იღებს გადაწყვეტილებას აპარატის საბიუჯეტო სახსრების მიზნობრივი გამოყენების შესახებ;

რ) პრეზიდენტს დასამტკიცებლად წარუდგენს აპარატის სტრუქტურას, დებულებას, საშტატო განრიგსა და აპარატის სტრუქტურული ქვედანაყოფების დებულებებს;

ს) მონაწილეობს მუდმივმოქმედი და დროებითი უწყებათაშორისი კომისიებისა და სამუშაო ჯგუფების საქმიანობაში;

ტ) წარადგენს წევრებს მუდმივმოქმედი და დროებითი უწყებათაშორისი კომისიებისა და სამუშაო ჯგუფების საქმიანობაში მონაწილეობის მისაღებად;

უ) პრეზიდენტს აბარებს ანგარიშს აპარატის საქმიანობასთან დაკავშირებით;

ფ) ასრულებს პრეზიდენტის ცალკეულ დავალებებს.

საბჭოს მდივანს ჰყავს ოთხი მოადგილე, რომლებსაც საბჭოს მდივნის წარდგინებით თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს პრეზიდენტი.

საბჭოს მდივნის არყოფნის შემთხვევაში მის უფლებამოსილებას ახორციელებს საბჭოს მდივნის ერთ-ერთი მოადგილ