1. სააგენტო მასზე დაკისრებული ფუნქციების შესრულებას უზრუნველყოფს სტრუქტურული ქვედანაყოფებისა და მასში შემავალი ერთეულების მეშვეობით.
2. სააგენტოს სტრუქტურული ქვედანაყოფებია:
ა) ინფორმაციული ტექნოლოგიების სამმართველო, რომლის ამოცანაა სპეციალური კავშირების სატელეფონო სადგურის მართვა, საკომუნიკაციო კვანძებში სატელეფონო სისტემების პროექტირება, ინსტალაცია და ექსპლუატაცია; სტატისტიკური ინფორმაციის მიღება და შესაბამისი დანაყოფებისათვის გადაცემა;
საკომუნიკაციო ოპერატორებთან ურთიერთჩართვის პროტოკოლის განსაზღვრა, შემაერთებელი არხების ფიზიკურ და აპარატურულ დონეზე ინსტალაცია;
დასრულებული ან წამოწყებული ზარების სტატისტიკური ინფორმაციის დამუშავება და მონაცემთა ბაზების დაარქივება;
განხორციელებული ზარების დეტალური და ჯგუფური ტარიფიკაცია; აბონენტთა ლიმიტიზაცია და ფასიანი ზარების შეზღუდვა; დამუშავებული ინფორმაციის მიწოდება შესაბამისი დანაყოფებისათვის;
მონაცემთა გადაცემის ვირტუალური ქსელი და სატელეფონო სისტემების მონიტორინგი უწყვეტ რეჟიმში;
საკაბელო მეურნეობის გარე ფიზიკური წვდომისაგან დაცვა, ტესტირება და ხარისხობრივი მდგომარეობის დადგენა;
ბ) კიბერუსაფრთხოების სამმართველო, რომლის ამოცანაა სპეციალური კავშირგაბმულობის საკომუნიკაციო კვანძების და მონაცემთა გადაცემის ქსელის პროექტირება;
მონაცემთა გადაცემის ქსელის აპარატურის და პროგრამული უზრუნველყოფის შერჩევა, ტესტირება და ინსტალაცია;
ვირტუალური მონაცემთა გადაცემის ქსელის სერთიფიკატების და პაროლების გეგმური შეცვლა და კრიპტირების ხარისხის განსაზღვრა; არასანქცირებული შეღწევისაგან სისტემის დაცვა, მონაცემების დაარქივება და სტატისტიკური ინფორმაციის ანალიზი;
სისტემის უწყვეტი ენერგომომარაგება, უწყვეტი კვების წყაროების მონიტორინგი და გეგმური შეკეთება, ვიდეო-მონიტორინგის და პერსონალის დაშვების სისტემების ექსპლუატაცია და მონიტორინგი;
გ) ადმინისტრაციული სამმართველო, რომლის ძირითადი ამოცანებია: სააგენტოში სამართლებრივი, საკადრო პოლიტიკის და მასთან დაკავშირებული საკითხების რეგულაცია; საფინანსო-ეკონომიკური საქმიანობის, საბუღალტრო აღრიცხვა-ანგარიშგების წარმოება, სახელმწიფო შესყიდვების პროცედურების დაგეგმვა და მართვა, ფინანსური ნაკადების და საბანკო პროცედურების მართვა, დოკუმენტბრუნვის (როგორც საიდუმლო, ასევე, არასაიდუმლო) წარმოება, სამეურნეო და სხვა ადმინისტრაციული საკითხების უზრუნველყოფ