დეპარტამენტის სტრუქტურული ქვედანაყოფებია (ერთეულებია):

ა) ინფრასტრუქტურის განვითარებისა და განვითარების პარტნიორებთან ურთიერთობის სამსახური;

ბ) საგზაო უსაფრთხოების სამსახური;

გ) საპროექტო სამსახური;

დ) აღმოსავლეთ საქართველოში სახელმწიფო ბიუჯეტით დაფინანსებული პროექტების მართვის სამსახური;

ე) აფხაზეთისა და აჭარის ავტონომიურ რესპუბლიკებსა და დასავლეთ საქართველოში სახელმწიფო ბიუჯეტით დაფინანსებული პროექტების მართვის სამსახური;

ვ) დონორი ორგანიზაციების მიერ დაფინანსებული მშენებლობის, მოდერნიზაციისა და რეკონსტრუქციის პროექტების მართვის სამსახური;

ზ) დონორი ორგანიზაციების მიერ დაფინანსებული რეაბილიტაციისა და მოვლა-შენახვის პროექტების მართვის სამსახური;

თ) გარემოსა და სოციალურ საკითხთა სამსახური;

ი) სახელმწიფო შესყიდვების სამსახური;

კ) საერთაშორისო შესყიდვების სამსახური;

ლ) ქონების მართვისა და ლოჯისტიკის სამსახური;

მ) ადმინისტრაციული სამსახური;

ნ) ადამიანური რესურსების მართვის სამსახური;

ო) ფინანსების მართვის სამსახური;

პ) იურიდიული სამსახურ