აკვაკულტურის საქმიანობის გარემოსდაცვით მონიტორინგს ახორციელებს სააგენტო, ხოლო სახელმწიფო კონტროლსა და ზედამხედველობას საკუთარი უფლებამოსილების ფარგლებში ახორციელებენ სამინისტროს სახელმწიფო საქვეუწყებო დაწესებულება − გარემოსდაცვითი ზედამხედველობის დეპარტამენტი და სამინისტროს სახელმწიფო კონტროლს დაქვემდებარებული საჯარო სამართლის იურიდიული პირი − სურსათის ეროვნული სააგენტ