მამხილებლის დაცვის დეპარტამენტის ძირითადი ამოცანებია:
ა) კანონის შესაბამისად, მამხილებლის დაცვის და ამ სფეროსთან დაკავშირებული ღონისძიებების განხორციელება;
ბ) „კორუფციის წინააღმდეგ ბრძოლის შესახებ“ საქართველოს კანონის 203 მუხლის შესაბამისად განხორციელებული მხილების შესახებ ინფორმაციის მიღება და კომპეტენციის ფარგლებში კანონმდებლობით გათვალისწინებული ღონისძიებების განხორციელება;
გ) მხილების შესახებ საუკეთესო საერთაშორისო პრაქტიკის მოძიება და შესაბამისი წინადადებების შემუშავება;
დ) მხილების შესახებ მიღებული განცხადებების ანალიზის საფუძველზე კორუფციული რისკების შეფასება;
ე) მამხილებლისთვის სამართლებრივი დახმარების გაწევა და ამ მიზნით შესაბამისი ღონისძიებების განხორციელება;
ვ) მამხილებლისთვის ფსიქოლოგიური დახმარების გაწევა და ამ მიზნით შესაბამისი ღონისძიებების განხორციელება;
ზ) მამხილებლის დაცვის ღონისძიებათა გაუმჯობესების შესახებ წინადადებებისა და რეკომენდაციების შემუშავება და კანონის შესაბამისად ამ სფეროსთან დაკავშირებული სხვა სათანადო ღონისძიებების განხორციელება;
თ) მხილების შესახებ განცხადებების წარდგენისა და განხილვის საერთო სტანდარტების/წესის შემუშავება და აღნიშნული სტანდარტების საჯარო სექტორში იმპლემენტაციის ხელშეწყობა; ასევე, იმპლემენტაციის შედეგების საფუძველზე სათანადო რეკომენდაციების შემუშავება;
ი) დეპარტამენტის საქმიანობის ანგარიშის მომზადება;
კ) დეპარტამენტის დებულებით, ბიუროს უფროსის დავალებითა და საქართველოს კანონმდებლობით გათვალისწინებული სხვა ფუნქციების განხორციელებ