მამხილებლის დაცვის დეპარტამენტის ძირითადი ამოცანებია:

ა) კანონის შესაბამისად, მამხილებლის დაცვის და ამ სფეროსთან დაკავშირებული ღონისძიებების განხორციელება;

ბ) „კორუფციის წინააღმდეგ ბრძოლის შესახებ“ საქართველოს კანონის 203 მუხლის შესაბამისად განხორციელებული მხილების შესახებ ინფორმაციის მიღება და კომპეტენციის ფარგლებში კანონმდებლობით გათვალისწინებული ღონისძიებების განხორციელება;

გ) მხილების შესახებ საუკეთესო საერთაშორისო პრაქტიკის მოძიება და შესაბამისი წინადადებების შემუშავება;

დ) მხილების შესახებ მიღებული განცხადებების ანალიზის საფუძველზე კორუფციული რისკების შეფასება;

ე) მამხილებლისთვის სამართლებრივი დახმარების გაწევა და ამ მიზნით შესაბამისი ღონისძიებების განხორციელება;

ვ) მამხილებლისთვის ფსიქოლოგიური დახმარების გაწევა და ამ მიზნით შესაბამისი ღონისძიებების განხორციელება;

ზ) მამხილებლის დაცვის ღონისძიებათა გაუმჯობესების შესახებ წინადადებებისა და რეკომენდაციების  შემუშავება და კანონის შესაბამისად ამ სფეროსთან დაკავშირებული სხვა სათანადო ღონისძიებების განხორციელება;

თ) მხილების შესახებ განცხადებების წარდგენისა და განხილვის საერთო სტანდარტების/წესის შემუშავება და აღნიშნული სტანდარტების საჯარო სექტორში იმპლემენტაციის ხელშეწყობა; ასევე, იმპლემენტაციის შედეგების საფუძველზე სათანადო რეკომენდაციების შემუშავება;

ი) დეპარტამენტის საქმიანობის ანგარიშის მომზადება;

კ) დეპარტამენტის დებულებით, ბიუროს უფროსის დავალებითა და საქართველოს კანონმდებლობით გათვალისწინებული სხვა ფუნქციების განხორციელებ