დეპარტამენტის სტრუქტურული ერთეულებია:

ა) ადამიანური რესურსების მართვის სამსახური;

ბ) ადმინისტრაციული სამსახური;

გ) ფინანსების მართვის სამსახური;

დ) ხარისხის კონტროლისა და მონიტორინგის სამსახური;

ე) იურიდიული სამსახური;

ვ) გარემოსა და სოციალურ საკითხთა სამსახური;

ზ) სახელმწიფო შესყიდვების სამსახური;

თ) საერთაშორისო შესყიდვების სამსახური;

ი)  დონორი ორგანიზაციების მიერ დაფინანსებული პროექტების მართვის სამსახური;

კ) საგზაო ინფრასტრუქტურის განვითარების სამსახური;

ლ) საპროექტო სამსახური;

მ) საგზაო უსაფრთხოების სამსახური;

ნ) ნაპირდაცვის სამსახური;

ო) სახელმწიფო ბიუჯეტით დაფინანსებული საგზაო პროექტების მართვის სამსახური;

პ) საგზაო ინფრასტრუქტურის მიმდინარე შეკეთების სამსახური;

ჟ) შრომის უსაფრთხოების სამსახური;

რ) ლოგისტიკის სამსახურ