დეპარტამენტის ძირითად ფუნქციებს წარმოადგენს:
ა)
სახელმწიფო ბიუჯეტის, აფხაზეთის და აჭარის ავტონომიური რესპუბლიკებისა და ადგილობრივი თვითმმართველი ერთეულების ბიუჯეტების შემოსულობების აღრიცხვა და ანგარიშგება;
ბ
) სახელმწიფო ბიუჯეტის, აფხაზეთისა და აჭარის ავტონომიური რესპუბლიკებისა და ადგილობრივი თვითმმართველი ერთეულების ბიუჯეტების შემოსულობების შესრულების ყოველდღიური, ყოველთვიური, კვარტალური და წლიური ანგარიშგების მომზადება კანონმდებლობით დადგენილი ფორმებით;
გ
) წლიური საბიუჯეტო კანონის შესაბამისად,სახელმწიფო ბიუჯეტის გადასახდელების კონსოლიდირება და გადასახდელების შესრულების ყოველდღიური, ყოველთვიური,კვარტალური და წლიური ანგარიშგების მომზადება;
დ
) ხაზინის ანგარიშებზე ფულადი სახსრების მოძრაობის ანგარიშგების მომზადება;
ე
) სამინისტროებისა და უწყებების მიერ მიღებული ფულადი გრანტების/მიზნობრივი დაფინანსების შესრულების ანგარიშგების მომზადება;
ვ
) ხაზინის ანგარიშებიდან თანხების ჩამოჭრაზე მიღებული სასამართლო გადაწყვეტილებების რეესტრის წარმოება;
ზ
) საინკასო დავალებებით ხაზინის ერთიანი ანგარიშიდან ჩამოჭრილ თანხებზე მხარჯავი დაწესებულებების ინფორმირება;
თ
) სახელმწიფო ბიუჯეტის შესრულების აღრიცხვისა და ანგარიშგების მეთოდოლოგიის, ფორმების და წესების შემუშავება;
ი
) საერთაშორისო სტანდარტების შესაბამისად ბუღალტრული აღრიცხვისა და ანგარიშგების საერთო მეთოდოლოგიის, დებულებების, ინსტრუქციების, მეთოდური მითითებების, ბუღალტრული აღრიცხვის დოკუმენტების და ანგარიშგების ფორმების, ნორმების და წესების პროექტების შემუშავება;
კ
) ბიუჯეტების დაფინანსებაზე მყოფი ორგანიზაციების ბუღალტრული აღრიცხვის და ანგარიშგებისადმი მეთოდოლოგიური ხელმძღვანელობისა და მონიტორინგის საკითხებზე წინადადებების მომზადება;
ლ
) სახელმწიფო ბიუჯეტის დაფინანსებაზე მყოფი მხარჯავი დაწესებულებების კვარტალური და წლიური ნაერთი ბუღალტრული ანგარიშების (ბალანსი და ბალანსის დანართი ფორმების) მიღება, შემოწმება, ანალიზი და ანგარიშის შედგენისას დაშვებული არსებითი შეცდომების და დარღვევების აღმოჩენის შემთხვევაში რეაგირება;
მ
) კომპეტენციის ფარგლებში საჯარო სექტორის ფინანსური მართვის რეფორმის ხელშეწყობის პროექტების განხორციელება;
ნ) საჯარო სამართლის იურდიულ პირთან – საფინანსო-ანალიტიკურ სამსახურთან კოორდინირებულად, სახელმწიფო ხაზინის საქმიანობასთან დაკავშირებული ინფორმაციის მომზადება და განთავსება/განახლება სახელმწიფო ხაზინის ვებგვერდზე