1. დეპარტამენტს ხელმძღვანელობს დეპარტამენტის უფროსი, რომელსაც თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს საქართველოს ფინანსთა მინისტრი. დეპარტამენტის უფროსს შეიძლება ჰყავდეს ერთი ან რამდენიმე
მოადგილე, რომლებსაც
თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს საქართველოს ფინანსთა მინისტრი. დეპარტამენტის სხვა თანამშრომლებს თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს სახაზინო სამსახურის უფროსი.
2. დეპარტამენტის უფროსი:
ა) ხელმძღვანელობს დეპარტამენტის საქმიანობას;
ბ) ორგანიზაციას უწევს დეპარტამენტის მუშაობას და პასუხს აგებს დეპარტამენტისათვის დაკისრებული ფუნქციების შესრულებაზე;

გ) ანაწილებს მოვალეობებს დეპარტამენტის სამმართველოებს შორის და ახდენს მათი მუშაობის კოორდინა
ცაის;
დ) ხელს აწერს და ვიზას აძლევს დეპარტამენტში მომზადებულ დოკუმენტებს;
ე) შუამდგომლობს დეპარტამენტის თანამშრომლების კვალიფიკაციის ამაღლების, მატერიალური წახალისების ან მათთვის დისციპლინური პასუხისმგებლობის დაკისრების შესახებ;
ვ) ანგარიშვალდებულია სახაზინო სამსახურის უფროსის წინაშე დეპარტამენტის მიერ გაწეული საქმიანობის შესახებ.
3. დეპარტამენტის უფროსის არყოფნის შემთხვევაში მის ფუნქციებს ასრულებს უფროსის მოადგილე.
4
. დეპარტამენტის უფროსის მოადგილე:
ა) ასრულებს დეპარტამენტის უფროსის მოვალეობას, დეპარტამენტის უფროსის არყოფნის შემთხვევაში;
ბ) ხელს უწყობს დეპარტამენტის უფროსს დეპარტამენტზე დაკისრებული ფუნქციების განხორციელების დაგეგმვა-კოორდინაციასა და ორგანიზებაში;
გ) დეპარტამენტის უფროსის მიერ განსაზღვრული უფლებამოსილებებისა და საქმიანობის სფეროების გათვალისწინებით წარმართავს და ზედამხედველობს დეპარტამენტში შემავალი ცალკეული სტრუქტურული ერთეულების საქმიანობას.
5.
დეპარტამენტის შემადგენლობაში შემავალი სამმართველოს უფროსები ხელმძღვანელობენ სამმართველოს, უშუალოდ ემორჩილებიან დეპარტამენტის უფროსსა და დეპარტამენტის უფროსის მოადგილეს, ანგარიშვალდებულნი არიან დეპარტამენტის უფროსის ან დეპარტამენტის უფროსის მოადგილის წინაშე, ასრულებენ მათ დავალებებს და ამ დებულებით სტრუქტურული ერთეულებისათვის განსაზღვრულ ამოცანებს და კოორდინაციას უწევენ სამმართველოზე დაკისრებული ფუნქციების შესრულებას