კანონმდებლობით მინიჭებული უფლებამოსილების ფარგლებში აკადემიის ძირითადი ფუნქციებია:
ა) საქართველოს კანონმდებლობით, საერთაშორისო ხელშეკრულებებითა და შეთანხმებებით დადგენილი სტანდარტების შესაბამისად უმაღლესი განათლების მქონე კადრების მომზადება საზღვაო ინფრასტრუქტურის მართვისა და ექსპლუატაციისათვის;
ბ) სტუდენტის ინტერესების, შესაძლებლობების, საგანმანათლებლო სფეროში აღიარებული სტანდარტების შესატყვისი უმაღლესი და პროფესიული განათლების მიღების, კვალიფიკაციის ამაღლებისა და გადამზადების მოთხოვნილებათა დაკმაყოფილება;
გ) საბაკალავრო და სამაგისტრო საგანმანათლებლო პროგრამების, პროფესიული მომზადებისა და გადამზადების მოკლევადიანი სასწავლო და საწვრთნელი პროგრამების/კურსების განხორციელება;
დ) სტუდენტებისათვის სწავლისა და განვითარებისათვის მაქსიმალურად მიმზიდველი გარემოს შექმნა;
ე) როგორც ქვეყნის შიგნით, ისე საზღვარგარეთ სასწავლო, საგანმანათლებლო და სხვა დაწესებულებებთან კავშირების დამყარება;
ვ) სხვა საგანმანათლებლო დაწესებულებებთან ერთად ერთობლივი საგანმანათლებლო პროგრამების განხორციელებ