კანონმდებლობით მინიჭებული უფლებამოსილების ფარგლებში აკადემიის ძირითადი ფუნქციებია:

ა) საქართველოს კანონმდებლობით, საერთაშორისო ხელშეკრულებებითა და შეთანხმებებით დადგენილი სტანდარტების შესაბამისად უმაღლესი განათლების მქონე კადრების მომზადება საზღვაო ინფრასტრუქტურის მართვისა და ექსპლუატაციისათვის;

ბ) სტუდენტის ინტერესების, შესაძლებლობების, საგანმანათლებლო სფეროში აღიარებული სტანდარტების შესატყვისი უმაღლესი და პროფესიული განათლების მიღების, კვალიფიკაციის ამაღლებისა და გადამზადების მოთხოვნილებათა დაკმაყოფილება;

გ) საბაკალავრო და სამაგისტრო საგანმანათლებლო პროგრამების, პროფესიული მომზადებისა და გადამზადების მოკლევადიანი სასწავლო და საწვრთნელი პროგრამების/კურსების განხორციელება;

დ) სტუდენტებისათვის სწავლისა და განვითარებისათვის მაქსიმალურად მიმზიდველი გარემოს შექმნა;

ე) როგორც ქვეყნის შიგნით, ისე საზღვარგარეთ სასწავლო, საგანმანათლებლო და სხვა დაწესებულებებთან კავშირების დამყარება;

ვ) სხვა საგანმანათლებლო დაწესებულებებთან ერთად ერთობლივი საგანმანათლებლო პროგრამების განხორციელებ