1. სამსახურის საქმიანობის მიზანია სააგენტოს ფინანსური რესურსების ეფექტური მართვა და მდგრადობის ანალიზი.

2. სამსახურის ძირითადი ფუნქციებია:

ა) სააგენტოს საფინანსო-ეკონომიკური და ბუღალტრული საქმიანობის კოორდინაციისა და მართვის უზრუნველყოფა;

ბ) სააგენტოს ბიუჯეტის ფორმირების მიზნით, საჭირო ინფორმაციის შეგროვება და პროგნოზირება;

გ) სააგენტოს ბიუჯეტის პროექტის შესაბამის სტრუქტურულ ქვედანაყოფებთან და უწყებებთან განხილვა/შეთანხმება;

დ) სააგენტოს ბიუჯეტის პროექტის მომზადება და სააგენტოს ხელმძღვანელობისთვის წარდგენა;

ე) სააგენტოს ბიუჯეტის შემოსავლებისა და ხარჯების კონტროლი და ანალიზი;

ვ) სააგენტოს ძირითადი საშუალებების, ფულადი სახსრებისა და სასაქონლო-მატერიალური ფასეულობის ინვენტარიზაციის ორგანიზება და მისი შედეგების ბუღალტრული ასახვის უზრუნველყოფა;

ზ) ფინანსური და საგადასახადო ანგარიშგების შედგენის და სათანადო ინსტანციებში დადგენილ ვადებში წარდგენის უზრუნველყოფა, ყოველთვიური და წლიური საგადასახადო დეკლარაციების მომზადება და კანონმდებლობით დადგენილ ვადებში გაგზავნა;

თ) სააგენტოს თავმჯდომარისათვის საფინანსო-სამეურნეო საქმიანობის კვარტალური დეტალური ანალიზის წარდგენა  და არსებული ნაკლოვანებების აღმოფხვრის შესახებ შესაბამისი წინადადებების მომზადება;

ი) უფლებამოსილების ფარგლებში კორესპონდენციის განხილვა და შესაბამისი პასუხის მომზადება;

კ) სააგენტოს მიერ წარმოებული სამეურნეო ოპერაციების აღრიცხვა–გატარება ბუღალტრულ პროგრამაში, დადგენილი წესებით დოკუმენტირება, შენახვა და დაარქივება;

ლ) შემოსულობებისა და გადასახდელების დამადასტურებელი პირველადი დოკუმენტაციის კანონმდებლობის შესაბამისად წარმოება;

მ) ბუღალტრული ოპერაციების პროგრამული უზრუნველყოფის საშუალებით აღრიცხვა და საბუღალტრო აღრიცხვის ორგანიზება;

ნ) სააგენტოს თანამშრომელთა ხელფასებისა და სხვა განაცემების (შვებულება, საავადმყოფო  ფურცელზე ყოფნა, პრემია, საბოლოო ანგარიშსწორება, მივლინება) დარიცხვა და გაცემა;

ო) ორგანიზაციებთან და ცალკეულ პირებთან წარმოშობილ ანგარიშსწორებათა აღრიცხვა;

პ) სხვადასხვა ორგანიზაციებთან და უწყებებთან გაფორმებული ხელშეკრულებების შესრულების მონიტორინგი;

ჟ) სალარო აპარატის მუშაობის კონტროლი და მასთან დაკავშირებული მასალების თავმოყრა;

რ) სამინისტროსთვის ხარჯვის შესახებ ყოველთვიური, ყოველკვარტალური და ყოველწლიური ანგარიშების, ბალანსების მომზადება და წარდგენა კანონმდებლობის შესაბამისად. საქართველოს ფინანსთა სამინისტროსთვის ბიუჯეტის ხარჯვის შესახებ ყოველკვარტალური და წლიური ანგარიშების წარდგენა;

ს) შესაბამისი სტრუქტურული, საკადრო, ნორმატიული თუ ტექნიკური ხასიათის კონკრეტული წინადადებების შემუშავება და ყოველი კვარტალის ბოლოს სააგენტოს ხელმძღვანელობისათვის წარდგენ