შიდა აუდიტის დეპარტამენტის ძირითადი ამოცანები და კომპეტენციაა:
ა) სამინისტროს მიერ წარმოებული საქმიანობის მართებულობისათვის, რესურსების ეფექტიანად და ეკონომიურად გამოყენებისათვის, მართვის გაუმჯობესებისათვის ხელის შეწყობა, რისკების ანალიზი, სამინისტროს წინაშე მდგარი ამოცანების გადაჭრა ობიექტური შემოწმებისა და შეფასების საშუალებით;
ბ) სამინისტროს ფუნქციონირებისა და მართვის პროცედურების მწარმოებლურობის, ეფექტურობის, ეფექტიანობისა და ეკონომიურობის გაზრდის მიზნით რეკომენდაციების შემუშავება;
გ) სამინისტროს სისტემაში შემავალი სტრუქტურული ერთეულების მიერ საქართველოს კანონმდებლობის მოთხოვნათა დაცვისა და მათი განუხრელი შესრულების კონტროლი;
დ) სამინისტროსა და სამინისტროს სისტემის თანამშრომელთა მიერ მოქალაქეთა კონსტიტუციური უფლებებისა და კანონიერი ინტერესების დარღვევის, სამსახურებრივი გადაცდომის ფაქტებისა და სხვა მართლსაწინააღმდეგო ქმედებების შესახებ საჩივარ-განცხადებების შესწავლა და შესაბამისი რეაგირება;
ე) სამინისტროს სისტემის თანამშრომელთა მიერ სამსახურებრივი გადაცდომის ჩადენის ფაქტებზე სამსახურებრივი შემოწმების ჩატარება, შემოწმების შედეგების შესახებ დასკვნის/ინფორმაციის შედგენა და მინისტრისათვის წარდგენ