1. სამინისტროს სისტემის შემადგენლობაში არიან:
ა) აფხაზეთის ავტონომიური რესპუბლიკის ჯანმრთელობისა და სოციალური დაცვის სამინისტრო;
ბ) აჭარის ავტონომიური რესპუბლიკის ჯანმრთელობის და სოციალური დაცვის სამინისტრო;
გ) სამინისტროს სახელმწიფო კონტროლს დაქვემდებარებული საჯარო სამართლის იურიდიული პირები.
2. სამინისტროს სახელმწიფო კონტროლს დაქვემდებარებული საჯარო სამართლის იურიდიული პირები არიან:
ა) სოციალური მომსახურების სააგენტო;
ბ) სამედიცინო საქმიანობის სახელმწიფო რეგულირების სააგენტო;
გ) ლ. საყვარელიძის სახელობის დაავადებათა კონტროლისა და საზოგადოებრივი ჯანმრთელობის ეროვნული ცენტრი;
დ) ადამიანით ვაჭრობის (ტრეფიკინგის) მსხვერპლთა, დაზარალებულთა დაცვისა და დახმარების სახელმწიფო ფონდი;
ე) საგანგებო სიტუაციების კოორდინაციისა და გადაუდებელი დახმარების ცენტრი;
ვ) საარსებო წყაროებით უზრუნველყოფის სააგენტო;
ზ) ახალგორის ბავშვთა სააღმზრდელო დაწესებულება.
3. სამინისტროს სტრუქტურული ქვედანაყოფები არიან:
ა) ანალიტიკის, ადამიანური რესურსების მართვისა და საერთაშორისო ურთიერთობების დეპარტამენტი;
ბ) შიდა აუდიტის დეპარტამენტი;
გ) ჯანმრთელობის დაცვის დეპარტამენტი;
დ) სოციალური დაცვის დეპარტამენტი;
ე) იურიდიული დეპარტამენტი;
ვ) ადმინისტრაციული დეპარტამენტი;
ზ) ეკონომიკური დეპარტამენტი;
თ) ინფორმაციული ტექნოლოგიების დეპარტამენტი;
ი) მასმედიასთან და საზოგადოებასთან ურთიერთობის დეპარტამენტი;
კ) შრომისა და დასაქმების პოლიტიკის დეპარტამენტი;
ლ) შრომის პირობების ინსპექტირების დეპარტამენტი;
მ) დევნილთა და ეკომიგრანტთა პოლიტიკის დეპარტამენტ