ჯანმრთელობის დაცვის დეპარტამენტის ძირითადი ამოცანები და კომპეტენციაა:

ა) ჯანმრთელობის დაცვის, საზოგადოებრივი ჯანმრთელობის დაცვის, სამედიცინო, წამლისა და ფარმაცევტულ, აგრეთვე დეპარტამენტის კომპეტენციას მიკუთვნებულ სხვა სფეროებში სახელმწიფო პროგრამების  შემუშავება და მართვა;

ბ) კლინიკური პრაქტიკის ეროვნული რეკომენდაციებისა (გაიდლაინების) და დაავადებათა მართვის სახელმწიფო სტანდარტების (პროტოკოლების) შემუშავება და მათი პერიოდული სრულყოფა;

გ) ჯანმრთელობის, საზოგადოებრივი ჯანმრთელობის, სამედიცინო და ფარმაცევტულ სფეროში მარეგულირებელი მექანიზმებისა და ნორმების შემუშავება და მათი პერიოდული სრულყოფა;

დ) კომპეტენციის სფეროში, სახელმწიფო პოლიტიკის განხორციელების სტრატეგიული გეგმის შემუშავება, კოორდინაცია, მონიტორინგი, შეფასება და ანალიზი;

ე) მოსახლეობის სოციალური და ჯანმრთელობის მდგომარეობის შესახებ ეროვნული მოხსენებისა და ჯანმრთელობის დაცვის ეროვნული ანგარიშების მომზადება და გამოცემა;

ვ) ჯანმრთელობის დაცვის სფეროს მარეგულირებელი ორგანიზაციებისა და დაწესებულებების საქმიანობის კოორდინაცია;

ზ) თავის კომპეტენციას მიკუთვნებულ სფეროში სამინისტროს მიერ დასადები საერთაშორისო ხელშეკრულებების მომზადება, დადებულ საერთაშორისო ხელშეკრულებებში ცვლილებებისა და დამატებების შეტანის საჭიროების განსაზღვრა;

თ) ჯანმრთელობის დაცვის საინფორმაციო სისტემების ფუნქციონირების უზრუნველყოფის  მარეგულირებელი მექანიზმებისა და ინსტრუმენტების შემუშავება/სრულყოფა;

ი) ჯანმრთელობის დაცვის პერსონალის პროფესიული რეგულირების მექანიზმებისა და ინსტრუმენტების შემუშავება/სრულყოფა;

კ) სამედიცინო პერსონალის დიპლომისშემდგომ განათლებასა და უწყვეტ პროფესიულ განვითარებასთან დაკავშირებული მარეგულირებელი ნორმატიული ბაზის შემუშავება/სრულყოფ