სააგენტოს სახელმწიფო კონტროლის განმახორციელებელი ორგანოა სამინისტრო, რომელიც ახორციელებს სააგენტოს საქმიანობის კანონიერების, მიზანშეწონილობისა და ეფექტიანობის და საფინანსო-ეკონომიკური საქმიანობის ზედამხედველობას. სამინისტრო უფლებამოსილია მოსთხოვოს სააგენტოს კონტროლის განსახორციელებლად საჭირო ნებისმიერი მასალისა და ინფორმაციის წარმოდგენ