2. საწარმოო კონტროლი ხორციელდება შემოსულ ნედლეულზე და მზა პროდუქტზე. საწარმოო შემომავალი კონტროლი ხორციელდება საწარმოში ნაყინის ნედლეულის მიღებისას, როგორც თანმხლები დოკუმენტაციით, რომელშიც მომწოდებელი მოვალეა წარმოადგინოს შესაბამისობის სერტიფიკატი, ნომერი და მოქმედების ვადები, პროდუქციის უსაფრთხოების დამამტკიცებლი სხვა დოკუმენტები, აგრეთვე შერჩევითი მიკრობიოლოგიური კონტროლის გზით; განსაკუთრებული ყურადღება ექცევა პირობით – პათოგენური და პათოგენური მიკროფლორის გამოვლენას.
3. მზა პროდუქციის მიკრობიოლოგიური კონტროლი ხორციელდება ნორმატიული დოკუმენტაციისა და აგრეთვე წინამდებარე ინსტრუქციის მიხედვით.