სააგენტოს ძირითადი ამოცანებია:
ა) სახელმწიფო მომსახურებების განვითარებასა და ინოვაციურ სერვისებთან დაკავშირებით იდეების გენერირება;
ბ) საქართველოს მოქალაქეთა, საქართველოში მცხოვრებ უცხოელთა და კანონმდებლობით გათვალისწინებულ სხვა პირთა აღრიცხვა-დოკუმენტირების ეფექტური სისტემის შექმნა და მისი შეუფერხებელი ფუნქციონირება;
გ) უფლებამოსილების ფარგლებში საქართველოს მოქალაქეობისა და მიგრაციის საკითხებზე გადაწყვეტილებების მიღება;
დ) უფლებამოსილების ფარგლებში საქართველოში გაცემული დოკუმენტების ლეგალიზებისა და აპოსტილით დამოწმების ეფექტური სისტემის შექმნა;
ე) კანონით დადგენილი წესითა და ფარგლებში ამომრჩეველთა ერთიანი სიის მაქსიმალურად ზუსტი მონაცემების საფუძველზე ფორმირების ხელშეწყობ