1. სააგენტოს ხელმძღვანელობს თავმჯდომარე, რომელსაც „საჯარო სამართლის იურიდიული პირის შესახებ“ საქართველოს კანონით დადგენილი წესით თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს მინისტრი.
2. სააგენტოს თავმჯდომარე სააგენტოს მართავს სააგენტოს სტრუქტურული ერთეულებისა და ტერიტორიული სამსახურების მეშვეობით.
3. სააგენტოს თავმჯდომარე:
ა) ხელმძღვანელობს და წარმართავს სააგენტოს საქმიანობას;
ბ) წარმოადგენს სააგენტოს მესამე პირებთან ურთიერთობაში;
გ) სააგენტოს ფუნქციებიდან გამომდინარე, გასცემს წარმომადგენლობის დამადასტურებელ დოკუმენტს;
დ) უფლებამოსილების ფარგლებში გამოსცემს ინდივიდუალურ ადმინისტრაციულ-სამართლებრივ აქტებს – ბრძანებებს;
ე) ამტკიცებს სააგენტოს საქმიანობის სტრატეგიას;
ვ) საქართველოს კანონმდებლობის შესაბამისად, სააგენტოს თანამშრომლებთან დებს და წყვეტს ადმინისტრაციულ და შრომით ხელშეკრულებებს;
ზ) თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს სააგენტოს თანამშრომლებს, მათ მიმართ იყენებს წახალისებისა და დისციპლინური პასუხისმგებლობის ზომებს;
თ) სამინისტროს გენერალური ინსპექციის მიერ ჩატარებული დისციპლინური წარმოების შედეგების საფუძველზე წარდგენილი დასკვნის შესაბამისად ვალდებულია გამოიყენოს დისციპლინური პასუხისმგებლობის ზომა დისციპლინური გადაცდომის ჩამდენი პირის მიმართ;
ი) განსაზღვრავს საჯარო ინფორმაციის ხელმისაწვდომობის უზრუნველყოფაზე, მათ შორის, საჯარო ინფორმაციის ელექტრონული ფორმით გაცემასა და პროაქტიულად გამოქვეყნებაზე პასუხისმგებელ პირს (პირებს);
კ) კონკრეტული საქმიანობის განხორციელების მიზნით ხელშეკრულების საფუძველზე იწვევს სპეციალისტებს, მათ შორის, უცხოელ სპეციალისტებს;
ლ) უზრუნველყოფს სტრუქტურული ერთეულების, სააგენტოს თავმდჯომარისადმი უშუალოდ დაქვემდებარებული თანამშრომლებისა და ტერიტორიული სამსახურების კოორდინირებულ საქმიანობას;
მ) ამტკიცებს სააგენტოს შინაგანაწესს;
ნ) სამინისტროსთან შეთანხმებით, კანონმდებლობით დადგენილი წესით, განსაზღვრავს სააგენტოს საშტატო ნუსხას და თანამშრომელთა თანამდებობრივი სარგოს კატეგორიებს;
ო) სააგენტოში სტაჟირების გავლის მიზნით შესაბამის ხელშეკრულებას დებს და წყვეტს სტაჟიორებთან;
პ) სააგენტოს თანამშრომლებს აძლევს მითითებებს და დავალებებს, აკონტროლებს მათ მიერ სამსახურებრივი მოვალეობების შესრულებას;
ჟ) ახორციელებს სააგენტოს თანამშრომელთა გადაწყვეტილებებისა და საქმიანობის სამსახურებრივ ზედამხედველობას;
რ) სააგენტოს უფლებამოსილებაში შემავალ საკითხზე ადგენს ადმინისტრაციული სამართალდარღვევის ოქმისა და დადგენილების ფორმებს, განსაზღვრავს მისი გამოყენებისა და აღრიცხვა-ანგარიშგების წესს;
ს) აუქმებს სააგენტოს ტერიტორიული სამსახურის მიერ გამოცემულ ინდივიდუალურ ადმინისტრაციულ-სამართლებრივ აქტებს კანონიერების ან მიზანშეუწონლობის მოტივით;
ტ) შუამდგომლობს სააგენტოს მიზნების მიღწევისა და ამოცანების შესასრულებლად საჭირო სახსრებისა და მატერიალური ფასეულობების გამოყოფის შესახებ; იღებს გადაწყვეტილებას მათი განკარგვის შესახებ;
უ) უფლებამოსილია, მინისტრთან შეთანხმებით, შესაბამისი თანამდებობის პირის დასაბუთებული მოთხოვნის საფუძველზე, საცხოვრებელი ბინით უზრუნველყოს ის თანამშრომლები ან საამისოდ საჭირო ხარჯების ანაზღაურება, რომლებსაც უფლებამოსილების განხორციელების ადგილას არ აქვთ საცხოვრებელი ბინა;
ფ) ახორციელებს სამსახურებრივ ზედამხედველობას სააგენტოს შიდა კონტროლისა და შიდა აუდიტის სამსახურების, აგრეთვე შესაბამისი სამართლებრივი აქტით განსაზღვრული სააგენტოს სხვა სტრუქტურული ერთეულებისა და თანამშრომლების საქმიანობაზე;
ქ) ახორციელებს სხვა ქმედებებს, რომლებიც მიმართულია სააგენტოს მიზნების მიღწევისა და ამოცანების შესრულებისკენ;
ღ) ახორციელებს ამ დებულებითა და კანონმდებლობით განსაზღვრულ სხვა უფლებამოსილებებს.
4. სააგენტოს თავმჯდომარის არყოფნის ან მის მიერ სამსახურებრივი უფლებამოსილების განხორციელების შეუძლებლობის შემთხვევაში სააგენტოს თავმჯდომარის მოვალეობას, მინისტრის ან მის მიერ უფლებამოსილი პირის ბრძანების საფუძველზე, ასრულებს სააგენტოს თავმჯდომარის პირველი მოადგილე ან ერთ-ერთი მოადგილ