ეპიდზედამხედველობის ინტეგრირებულ ეროვნულ სისტემაში მონაწილე ორგანოებს მიეკუთვნებიან:
ა) სსიპ – ლ. საყვარელიძის სახელობის დაავადებათა კონტროლისა და საზოგადოებრივი ჯანმრთელობის ეროვნული ცენტრი და მისი ტერიტორიული ერთეულები;
ბ) მუნიციპალიტეტებთან არსებული საზოგადოებრივი ჯანმრთელობის ცენტრები/სამსახურები;
გ) სსიპ − სურსათის ეროვნული სააგენტო და მისი ტერიტორიული ორგანოები;
დ) სსიპ − საქართველოს სოფლის მეურნეობის სამინისტროს ლაბორატორია და მისი ტერიტორიული ორგანოები;
ე) სსიპ − შემოსავლების სამსახური;
ვ) საქართველოს გარემოსა და ბუნებრივი რესურსების დაცვის სამინისტრ