1. სამსახურის მიზანია სააგენტოში დასაქმებული პირების მიერ შრომის დისციპლინისა და საქმიანობის კანონიერების პრინციპის დაცვის უზრუნველყოფა.

2. სამსახური ფუნქციურად დამოუკიდებელია და ანგარიშვალდებულია მხოლოდ სააგენტოს თავმჯდომარის წინაშე. სააგენტოს თავმჯდომარის მიერ შიდა კონტროლის სამსახურის ანგარიშებზე, დასკვნებსა და რეკომენდაციებზე რეაგირება ემსახურება მართვის ეფექტიანი მიზნის მიღწევას. დაუშვებელია შიდა კონტროლის სამსახურის საქმიანობაში ჩარევა ან მასზე სხვაგვარი ზემოქმედება საქმიანობის დაგეგმვის, განხორციელებისა და ანგარიშგების ნებისმიერ ეტაპზე.

3. სამსახურის შესწავლისა და ანალიზის საგანი, თავისი კომპეტენციის ფარგლებში, შესაძლებელია იყოს სააგენტოში  მიმდინარე ნებისმიერი პროცესი და საქმიანობის სფერო.  სააგენტოს თანამშრომლები ვალდებული არიან ითანამშრომლონ შიდა კონტროლის სამსახურთან და უზრუნველყონ მათ კომპეტენციაში შემავალ საკითხებთან დაკავშირებული ნებისმიერი ინფორმაციის თაობაზე არსებული მონაცემთა ბაზებისა და დოკუმენტების ხელმისაწვდომობა ან/და მოქმედებების შესრულება.

4. სამსახურის ძირითადი ფუნქციებია:

ა) სააგენტოს თანამშრომელთა საქმიანობის საქართველოს კანონმდებლობასთან და მოქმედ სამართლებრივ აქტებთან შესაბამისობის შემოწმება/მონიტორინგი და ზედამხედველობა;

ბ) სააგენტოს თანამშრომელთა ინტერესთა შეუთავსებლობის ფაქტების გამოვლენა;

გ) სააგენტოს თანამშრომელთა მიერ ტექნიკური და სხვა მატერიალური ფასეულობების მართლზომიერი გამოყენების კონტროლი;

დ) სამსახურში შემოსული საჩივრებისა და განცხადებების განხილვა, სააგენტოს თანამშრომელთა მიერ ჩადენილი დარღვევების ფაქტებზე სატელეფონო შეტყობინებების მიღება და შესაბამისი რეაგირება, სამინისტროს გენერალურ ინსპექციასთან თანამშრომლობა;

ე) სააგენტოს თანამშრომელთა შესაძლო გადაცდომის ფაქტებზე სამსახურებრივი შემოწმების ჩატარება, გადაცდომის ფაქტების  დადგენა, შედეგების შესახებ დასკვნის, ასევე მათი შემდგომი აღმოფხვრის მიზნით რეკომენდაციების სააგენტოს თავმჯდომარისათვის წარდგენა;

ვ) სააგენტოს სისტემაში „ცხელი ხაზის“ ფუნქციონირების უზრუნველყოფა და ამ გზით შემოსული შეტყობინებების განხილვა უფლებამოსილების ფარგლებში;

ზ) სამსახურის ეფექტიანი საქმიანობისათვის საჭირო რეკომენდაციების შემუშავება და სააგენტოს თავმჯდომარისათვის წარდგენა;

თ) სააგენტოში დასაქმებული პირის ქმედებაში დანაშაულის ნიშნების აღმოჩენის შემთხვევაში მოპოვებული მასალების შესაბამის სამართალდამცველ ორგანოში გადაგზავნა;

ი) სამსახურის საქმიანობის შესახებ ყოველ კვარტალში ანგარიშის მომზადება და სააგენტოს თავმჯდომარისათვის წარდგენა;

კ) სხვა საქმიანობები, რომლებიც გამომდინარეობს სააგენტოს მიზნებიდან და არ ეწინააღმდეგება საქართველოს კანონმდებლობა