საგრანტო პროგრამაში ცვლილების შეტანის საფუძველი შეიძლება გახდეს საგრანტო კომისის გადაწყვეტილება, რაც განპირობებულია სამინისტროს ბიუჯეტში შეტანილი ცვლილებით, ასევე პროგრამაში შეტანილი საკითხის აქტუალობის ცვლილებით ან სხვა გარემოებებით. საგრანტო პროგრამაში ცვლილების შეტანა ხდება მინისტრის ბრძანები