საგრანტო პროგრამაში ცვლილების შეტანის საფუძველი შეიძლება გახდეს საგრანტო საბჭოს გადაწყვეტილება, რაც განპირობებულია სამინისტროს ბიუჯეტში შეტანილი ცვლილებით, ასევე პროგრამაში შეტანილი საკითხის აქტუალობის ცვლილებით ან სხვა გარემოებებით. საგრანტო პროგრამაში ცვლილების შეტანა ხდება მინისტრის ბრძანები