საგრანტო პროგრამაში ცვლილების შეტანის საფუძველი შეიძლება გახდეს სამეცნიერო საბჭოს გადაწყვეტილება, რაც განპირობებულია ცენტრის ბიუჯეტში, ან დონორის მიერ გრანტისთვის განკუთვნილ თანხაში შეტანილი ცვლილებით, ასევე პროგრამაში შეტანილი საკითხის აქტუალობის ცვლილებით ან სხვა გარემოებებით. საგრანტო პროგრამაში ცვლილების შეტანა ხდება გენერალური დირექტორის ინდივიდუალური ადმინისტრაციულ-სამართლებრივი აქტით. საგრანტო პროგრამის ცვლილების პროექტი, დამტკიცებმადე, შესათანხმებლად წარედგინება საქართველოს განათლებისა და მეცნიერების სამინისტრო