სააგენტოს ძირითადი ამოცანებია:
ა) სახელმწიფო მომსახურებების განვითარებასა და ინოვაციურ სერვისებთან დაკავშირებით იდეების გენერირება;
ბ) საქართველოს მოქალაქეთა, საქართველოში მცხოვრებ უცხოელთა და კანონმდებლობით გათვალისწინებულ სხვა პირთა აღრიცხვა/დოკუმენტირების ეფექტური სისტემის შექმნა და მისი შეუფერხებელი ფუნქციონირება;
გ) უფლებამოსილების ფარგლებში, საქართველოს მოქალაქეობისა და მიგრაციის საკითხებზე ეფექტური გადაწყვეტილებების მიღება;
დ) უფლებამოსილების ფარგლებში, საქართველოში გაცემული დოკუმენტების ლეგალიზებისა და აპოსტილით დამოწმების ეფექტური სისტემის შექმნა;
ე) კანონით დადგენილი წესითა და ფარგლებში ამომრჩეველთა ერთიანი სიის მაქსიმალურად ზუსტი მონაცემების საფუძველზე ფორმირების ხელშეწყობ