1. სააგენტოს სტრუქტურული ქვედანაყოფებია:
ა) სამოქალაქო რეესტრის დეპარტამენტი, რომლის სტრუქტურული ერთეულებია:
ა.ა) სამოქალაქო აქტებისა და მოსახლეობის რეგისტრაციის სამსახური;
ა.ბ) აპოსტილისა და ლეგალიზაციის სამსახური;
ა.გ) ბიომეტრიული დოკუმენტების პერსონალიზაციის ცენტრი (სამსახური);
ა.დ) მოქალაქეობისა და მიგრაციის სამსახური;
ა.ე) დისტანციური მომსახურების სამსახური;
ბ) ინფორმაციული ტექნოლოგიებისა და სისტემების დეპარტამენტი, რომლის სტრუქტურული ერთეულებია:
ბ.ა) ინფორმაციული ტექნოლოგიების მხარდაჭერის სამსახური;
ბ.გ) ინფორმაციული ტექნოლოგიების განვითარების ხელშეწყობის სამსახური;
ბ.დ) მონაცემთა ხარისხის მართვის სამსახური;
ბ.ე) პროგრამული უზრუნველყოფისა და საიდენტიფიკაციო სერვისების განვითარების სამსახური;
ბ.ვ) გარე მომხმარებლებთან ურთიერთობის სამსახური;
ბ.ზ) ინფორმაციული ტექნოლოგიების ინფრასტრუქტურის მართვისა და განვითარების სამსახური;
გ) ადმინისტრაცია (დეპარტამენტი), რომლის სტრუქტურული ერთეულებია:
გ.ა) ადამიანური რესურსების მართვის სამსახური;
გ.ბ) საქმისწარმოებისა და სამართლებრივი უზრუნველყოფის სამსახური;
გ.გ) ბიუჯეტის დაგეგმვისა და მართვის სამსახური;
გ.დ) შესყიდვების სამსახური;
გ.ე) მატერიალურ-ტექნიკური უზრუნველყოფის სამსახური;
გ.ვ) საბუღალტრო აღრიცხვის სამსახური.
2. სააგენტოს თავმჯდომარეს უშუალოდ ექვემდებარება შემდეგი სტრუქტურული ერთეულები:
ა) შიდა აუდიტის სამსახური;
ბ) მარკეტინგული კომუნიკაციისა და საზოგადოებასთან ურთიერთობის სამსახური;
გ) მიგრაციის სამთავრობო კომისიის სამდივნო (სამსახური);
დ) კვლევებისა და პროექტების განვითარების სამსახური.
3. სააგენტოს თავმჯდომარეს უშუალოდ ექვემდებარებიან შემდეგი მოსამსახურეები:
ა) პერსონალურ მონაცემთა დაცვის ოფიცერი;
ბ) ინფორმაციული უსაფრთხოების მენეჯერ