1. დაწესებულებას მართავს და ხელმძღვანელობს დაწესებულების დირექტორი, რომელსაც მინისტრთან შეთანხმებით თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს გენერალური დირექტორი.
2. დაწესებულების დირექტორი დაწესებულებას მართავს მისი მოადგილეებისა და დაწესებულების სტუქტურული ერთეულების უფროსების მეშვეობით.
3. დაწესებულების დირექტორს ჰყავს სამი მოადგილე – პატიმრობისა და დახურული ნაწილის ზედამხედველობის, სამართლებრივი რეჟიმისა და ადმინისტრაციულ დარგებში მოადგილეები, რომლებსაც, მინისტრთან შეთანხმებით, თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს გენერალური დირექტორი. დაწესებულების დირექტორის მოადგილეების საკურატორო სფეროები განისაზღვრება მათი თანამდებობაზე დანიშვნის ბრძანებით.
4. პატიმრობისა და დახურული ნაწილის კურატორი დირექტორის მოადგილე ზედამხედველობს დაწესებულების პატიმრობისა და დახურული ნაწილის საქმიანობას.
5. სამართლებრივი რეჟიმის დარგში დირექტორის მოადგილე ზედამხედველობს სამართლებრივი რეჟიმის განყოფილების საქმიანობას და უშუალოდ ხელმძღვანელობს განყოფილების უფროსის მუშაობას.
6. ადმინისტრაციულ დარგში დაწესებულების დირექტორის მოადგილე ზედამხედველობს დაწესებულების ადმინისტრაციული განყოფილების საქმიანობას და უშუალოდ ხელმძღვანელობს განყოფილების უფროსის მუშაობას.
7. უსაფრთხოებისა და სპეციალური აღრიცხვის განყოფილებები უშუალოდ ექვემდებარება დაწესებულების დირექტორს.
8. დაწესებულების სამორიგეო ცვლას ხელმძღვანელობს ოპერატიული მორიგე, რომელსაც სამსახურებრივი საქმიანობის განხორციელებაში ხელს უწყობს ოპერატიული მორიგის თანაშემწე. ოპერატიული მორიგე და ოპერატიული მორიგის თანაშემწე უწყვეტ რეჟიმში აწვდიან ინფორმაციას შესაბამის პირებს დაწესებულებაში არსებული ვითარების შესახებ, უზრუნველყოფენ სამორიგეო ცვლის საქმიანობის კოორდინაციას, სამორიგეო ცვლის მიღება-გადაბარებას და ასრულებენ საქართველოს კანონმდებლობით გათვალისწინებულ სხვა უფლებამოსილებებს. ოპერატიული მორიგე უშუალოდ ექვემდებარება დაწესებულების დირექტორს, ხოლო პატიმრობისა და დახურული ნაწილის ოპერატიული მორიგე – დახურული ნაწილის კურატორი დირექტორის მოადგილეს. ოპერატიული მორიგის თანაშემწე უშუალოდ ექვემდებარება ოპერატიულ მორიგეს.
9. ოპერატიული მორიგე და ოპერატიული მორიგის თანაშემწე არიან სამსახურის ოფიცრები და რიგითები.
10. დაწესებულების დირექტორის მოადგილეების, დაწესებულების სტრუქტურული ერთეულების უფროსების და მათდამი დაქვემდებარებული მოსამსახურეების უფლება-მოვალეობები განისაზღვრება საქართველოს საკანონმდებლო და კანონქვემდებარე ნორმატიული აქტებით, აგრეთვე საქართველოს კანონმდებლობის შესაბამისად დამტკიცებული თანამდებობრივი ინსტრუქციები