სააგენტოს მიზნები და ამოცანებია:
ა) კომპეტენციის ფარგლებში, საქართველოს კულტურული მემკვიდრეობის (მატერიალური და არამატერიალური) დაცვა, შესწავლა, კვლევა, გამოვლენა-ინვენტარიზაცია, აღრიცხვა-დოკუმენტირება, მოვლა-პატრონობა და პოპულარიზაცია;
ბ) საქართველოს კულტურული მემკვიდრეობის ძეგლზე და ობიექტებზე ჩასატარებელი საპროექტო, კვლევითი და სარეაბილიტაციო სამუშაოების განხორციელება და სამეცნიერო-კვლევითი და სარეაბილიტაციო სამუშაოების მეთოდოლოგიისა და ტექნოლოგიების სრულყოფისათვის ტექნიკური სიახლეების გამოყენების ხელშეწყობა;
გ) კომპეტენციის ფარგლებში, საქართველოს კულტურული მემკვიდრეობის ძეგლებზე გაცემული სანებართვო დოკუმენტაციის შემოწმება და სანებართვო პირობების დარღვევის, მათ შორის, უნებართვო საქმიანობის გამოვლენის შემთხვევაში, სათანადო რეაგირება;
დ) კულტურული მემკვიდრეობის დაცვის სახელმწიფო პროგრამისა და კულტურული მემკვიდრეობის პოპულარიზაციის, შემეცნებისა და ორგანიზებული ტურიზმის ხელშეწყობის მიზნით, მიზნობრივი კულტურულ-საგანმანათლებლო და ტურისტული პროგრამების შემუშავება და განხორციელება;
ე) საქართველოს კულტურული მემკვიდრეობის ერთიანი საინფორმაციო სისტემისა და მონაცემთა ბაზის შექმნა;
ვ) კულტურული მემკვიდრეობის სფეროში ნორმატიული აქტების პროექტების შემუშავება;
ზ) კულტურული მემკვიდრეობის ძეგლზე სამუშაოებისა და არქეოლოგიური სამუშაოების ჩატარებისათვის აუცილებელი კვალიფიკაციის მქონე პირების რეესტრის წარმოება, საქართველოს კულტურის, სპორტისა და ახალგაზრდობის სამინისტროსაგან (შემდგომში – სამინისტრო) შესაბამისი ადმინისტრაციული ხელშეკრულებით დელეგირებული უფლებამოსილების ფარგლებში;
თ) კულტურული მემკვიდრეობის სფეროში ფუნდამენტური და გამოყენებითი კვლევების განხორციელება, სამეცნიერო-კვლევითი, საკონსულტაციო და საექსპერტო საქმიანობის სამეცნიერო-ტექნიკური პროგრესისა და სამეცნიერო საქმიანობისათვის ყოველმხრივი ხელშეწყობა, ახალი ტექნოლოგიების შექმნა, ანალიზი და დანერგვა და ამ მიზნით ადგილობრივ და საერთაშორისო ექსპერტებთან, საერთაშორისო ორგანიზაციებთან თანამშრომლობა;
ი) კულტურული მემკვიდრეობის სფეროში სპეციალისტებისა და ახალი სამეცნიერო კადრების მომზადებაში და გადამზადებაში მონაწილეობა/ხელშეწყობა;
კ) საქართველოს კულტურული მემკვიდრეობის ძეგლების/ობიექტებისა და კულტურული ფასეულობების, მათ შორის, მის სტრუქტურაში არსებულ მუზეუმებსა და მუზეუმ-ნაკრძალებში არსებული სამუზეუმო ექსპონატების შესწავლა, მათი ისტორიული, მეცნიერული და მხატვრული ღირებულებების განსაზღვრა, მოძიებული მასალების დამუშავება;
ლ) სახელოვნებათმცოდნეო და კულტურული მემკვიდრეობის სფეროებში სხვა ქვეყნების გამოცდილების შესწავლა და პრაქტიკაში დანერგვა;
მ) კულტურული მემკვიდრეობის სფეროში მოქმედი საერთაშორისო ხელშეკრულებებით ნაკისრი ვალდებულებების განხორციელების ხელშეწყობა;
ნ) კულტურული მემკვიდრეობის სფეროში საერთაშორისო და ადგილობრივ ორგანიზაციებთან თანამშრომლობ