1. სააგენტოს სტრუქტურა შედგება მუზეუმების, მუზეუმ-ნაკრძალებისა და სამსახურებისაგან (სტრუქტურული ერთეულები).
2. სააგენტოს მუზეუმები და მუზეუმ-ნაკრძალებია:
ა) ექვთიმე თაყაიშვილის სახელობის გურიის მხარის არქეოლოგიური მუზეუმ-ნაკრძალი;
ბ) პარმენ ზაქარაიას სახელობის ნოქალაქევის არქიტექტურულ-არქეოლოგიური მუზეუმ-ნაკრძალი;
გ) სტეფანწმინდის ისტორიული მუზეუმი;
დ) ქუთაისის ისტორიულ-არქიტექტურული მუზეუმ-ნაკრძალი;
ე) დიდი მცხეთის არქეოლოგიური სახელმწიფო მუზეუმ-ნაკრძალი;
ვ) სამშვილდის და კლდეკარის ისტორიულ-არქიტექტურული მუზეუმ-ნაკრძალი;
ზ) უფლისციხის ისტორიულ-არქიტექტურული მუზეუმ-ნაკრძალი;
თ) ქსნის ხეობის ისტორიულ-არქიტექტურული მუზეუმ-ნაკრძალი;
ი) დიდი ლიახვის ხეობის სახელმწიფო მუზეუმ-ნაკრძალი;
კ) ვარძიის ისტორიულ-არქიტექტურული მუზეუმ-ნაკრძალი;
ლ) უჯარმისა და დავით-გარეჯის მუზეუმ-ნაკრძალი;
მ) ჩაჟაშის მუზეუმ-ნაკრძალი;
ნ) მირზაანის ნიკო ფიროსმანის სახელმწიფო მუზეუმი;
ო) ბორჯომის მხარეთმცოდნეობის მუზეუმი;
პ) გრემის მუზეუმი;
ჟ) მუცოს მუზეუმ-ნაკრძალი;
რ) დავით და გიორგი ერისთავების სახლ-მუზეუმი;
ს) ნიკო ნიკოლაძის სახლ-მუზეუმი.
3. სააგენტოს სამსახურებია:
ა) ძეგლთა რეაბილიტაციის, ნებართვებისა და ექსპერტიზის სამსახური;
ბ) არქეოლოგიისა და კულტურული მემკვიდრეობის კვლევის სამსახური;
გ) არამატერიალური კულტურული მემკვიდრეობის სამსახური;
დ) მონიტორინგის სამსახური;
ე) მუზეუმების, მუზეუმ-ნაკრძალებისა და საგანმანათლებლო სამსახური;
ვ) იუნესკოსა და საერთაშორისო ურთიერთობების სამსახური;
ზ) ადმინისტრაცია (სამსახური);
თ) შიდა აუდიტისა და შრომის უსაფრთხოების სამსახური;
ი) ეკონომიკური სამსახური;
კ) საინფორმაციო სისტემების სამსახური;
ლ) ძეგლთა ფიქსაციისა და კულტურულ ფასეულობათა კონსერვაცია-რესტავრაციის ლაბორატორია (სამსახური