გარემოს კვლევების განყოფილების ძირითადი ფუნქციები და ამოცანებია:

ა) სასმელი წყლის (წყალმომარაგების ცენტრალიზირებული და არაცენტრალიზირებული) დაფასოებული და არადაფასოებული; ზედაპირული წყლების (მდინარე, ზღვა, ტბა), ჩამდინარე წყლების, აუზის წყლების, წყალსატევების წყლის რადიომეტრიული და პარაზიტოლოგიური გამოკვლევები ნორმატიულ-ტექნიკური დოკუმენტაციების შესაბამისად;

ბ) მცენარეული და ცხოველური წარმოშობის სურსათის/ცხოველის საკვების და ნედლეულის  ნიმუშების/სინჯების ვირუსოლოგიური გამოკვლევები ნორმატიულ-ტექნიკური დოკუმენტაციების შესაბამისად;

გ) მცენარეთა საკარანტინო და  სხვა მავნე ორგანიზმების დიაგნოსტიკა;

დ) ნიადაგის  ფიზიკო-ქიმიური, ტოქსიკოლოგიური და ბაქტერიოლოგიური, პარაზიტოლოგიური, რადიომეტრიული გამოკვლევები და ნაყოფიერების მაჩვენებლების დადგენა;

ე) აგროქიმიკატებსა და შხამქიმიკატებში მოქმედი ნივთიერებების შემცველობის განსაზღვრა ნორმატიულ-ტექნიკური დოკუმენტაციის შესაბამისად;

ვ) დასახლებული და საზოგადოებრივი თავშეყრის ადგილების ატმოსფერულ ჰაერში, საწარმოს სამუშაო ზონაში, საცხოვრებელ ბინებსა და სხვა სათავსოების ჰაერში აეროდინამიური,  ფიზიკო-ქიმიური, ტოქსიკოლოგიური, ბაქტერიოლოგიური და რადიომეტრიული გამოკვლევები;

ზ)კომპეტენტური ორგანოს/პირის მომართვის საფუძველზე ადამიანებისა და ცხოველებისათვის საერთო საშიში (ზოოანთროპონოზური) დაავადებების გამოვლენისას პათოლოგიური მასალის გამოკვლევები;

თ) მოქმედი კანონმდებლობით და ცენტრის უფროსის ბრძანებებით გათვალისწინებული სხვა ფუნქციებისა და ამოცანების განხორციელებ