1. სააგენტო, თავისი კომპეტენციის ფარგლებში მოქმედებისას, ხელმძღვანელობს შემდეგი ძირითადი პრინციპებით:
ა) კონტროლის ობიექტებისა და სხვა დაინტერესებული პირების კანონიერი უფლებების დაცვის უზრუნველყოფა;
ბ) საქმიანობის განხორციელებისას კეთილსინდისიერება;
გ) საქმიანობის განხორციელებისას გამჭვირვალობა;
დ) დარღვევათა გამოვლენის პროცესში პრევენციულ ღონისძიებათა უპირატესი გამოყენება;
ე) სახელმწიფო ხელისუფლების/ადგილობრივი თვითმმართველობის ორგანოებთან, ობიექტებთან, სხვა დაინტერესებულ მხარეებთან, სხვა ქვეყნების შესაბამის სამსახურებთან, საზოგადოებრივ და საერთაშორისო ორგანიზაციებთან თანამშრომლობა.
2. კონტროლის განხორციელების მიზანია:
ა) კონტროლის ობიექტის მიერ სამედიცინო ან/და ფარმაცევტული საქმიანობის მარეგულირებელი სამართლებრივი ნორმების შესრულების შემოწმება;
ბ) სამედიცინო ან/და ფარმაცევტული საქმიანობის სფეროში მარეგულირებელი სამართლებრივი ნორმების დარღვევის დაფიქსირების შემთხვევაში, კანონმდებლობით დადგენილი ღონისძიებების გატარება;
გ) სამედიცინო ან/და ფარმაცევტული საქმიანობის სფეროში მარეგულირებელი სამართლებრივი ნორმების ეფექტიანი დამკვიდრების ხელშეწყობა;
დ) სამედიცინო ან/და ფარმაცევტული საქმიანობის სფეროში კონტროლის მარეგულირებელი ნორმებით დადგენილი წესების შესრულების უზრუნველყოფ