1. სააგენტო, თავისი კომპეტენციის ფარგლებში მოქმედებისას, ხელმძღვანელობს შემდეგი ძირითადი პრინციპებით:

ა) კონტროლის ობიექტებისა და სხვა დაინტერესებული პირების კანონიერი უფლებების დაცვის უზრუნველყოფა;

ბ) საქმიანობის განხორციელებისას კეთილსინდისიერება;

გ) საქმიანობის განხორციელებისას გამჭვირვალობა;

დ) დარღვევათა გამოვლენის პროცესში პრევენციულ ღონისძიებათა უპირატესი გამოყენება;

ე) სახელმწიფო ხელისუფლების/ადგილობრივი თვითმმართველობის ორგანოებთან, ობიექტებთან, სხვა დაინტერესებულ მხარეებთან, სხვა ქვეყნების შესაბამის სამსახურებთან, საზოგადოებრივ და საერთაშორისო ორგანიზაციებთან თანამშრომლობა.

2. კონტროლის განხორციელების მიზანია:

ა) კონტროლის ობიექტის მიერ სამედიცინო ან/და ფარმაცევტული საქმიანობის მარეგულირებელი სამართლებრივი ნორმების შესრულების  შემოწმება;

ბ) სამედიცინო ან/და ფარმაცევტული საქმიანობის სფეროში მარეგულირებელი სამართლებრივი ნორმების დარღვევის დაფიქსირების შემთხვევაში, კანონმდებლობით დადგენილი ღონისძიებების გატარება;

გ) სამედიცინო ან/და ფარმაცევტული საქმიანობის სფეროში მარეგულირებელი სამართლებრივი ნორმების ეფექტიანი დამკვიდრების ხელშეწყობა;

დ) სამედიცინო ან/და ფარმაცევტული საქმიანობის სფეროში კონტროლის მარეგულირებელი ნორმებით დადგენილი წესების შესრულების  უზრუნველყოფ