1. სახელმწიფო ეკოლოგიური ექსპერტიზის ჩამტარებელ ორგანოს უფლება აქვს:
ა) პროცედურის დაწყებამდე მოითხოვოს საქმიანობის განმახორციელებლისაგან სახელმწიფო ეკოლოგიური ექსპერტიზის სრულყოფილად ჩატარებისათვის საჭირო ინფორმაცია და დოკუმენტაცია;
ბ) მოითხოვოს დამოუკიდებელი ექსპერტებისა და დროებითი ექსპერტ-კონსულტანტისაგან მათი მოსაზრებებისა და დასკვნების ობიექტური არგუმენტაცია, აგრეთვე კანონმდებლობით განსაზღვრული მოვალეობების ხარისხიანი შესრულება კანონმდებლობით დადგენილ ვადებში;
გ) დამოუკიდებელი ექსპერტის არადამაკმაყოფილებელი მუშაობის შემთხვევაში დააყენოს საკითხი შემდგომში მასთან შრომითი ურთიერთობის შეწყვეტისა და რეესტრში მათი მონაცემების გაუქმების შესახებ;
დ) განიხილოს გარემოზე ზემოქმედების შეფასების სპეციალურ საბჭოზე საქმიანობის განმახორციელებლის გარემოზე ზემოქმედების შეფასების პროცედურისაგან განთავისუფლების საკითხი „გარემოზე ზემოქმედების ნებართვის გაცემის წესისა და პირობების შესახებ დებულების დამტკიების თაობაზე“ საქართველოს მთავრობის 2005 წლის 1 სექტემბრის №154 დადგენილებით დამტკიცებული დებულების მე-6 მუხლით გათვალისწინებული გარემოებების არსებობისას და წარუდგინოს შესაბამისი წინადადება გარემოს დაცვისა და ბუნებრივი რესურსების მინისტრს;
2. სახელმწიფო ეკოლოგიური ექსპერტიზის ჩამტარებელი ორგანოს მიერ მოწვეულ დამოუკიდებელ ექსპერტებს უფლება აქვთ:
ა) ჩაატარონ კანონით დადგენილი ყველა პროცედურა წარმოდგენილი დოკუმენტაციის სრულყოფილი შესწავლისათვის;
ბ) მათი შეხედულებისამებრ გამოიტანონ არგუმენტირებული უარყოფითი ან დადებითი საექსპერტო დასკვნა და საექსპერტო კომისიისაგან განსხვავებული აზრის შემთხვევაში დოკუმენტურად დააფიქსირონ იგი კომისიის დასკვნაში;
გ) წერილობით მოითხოვონ სახელმწიფო ეკოლოგიური ექსპერტიზის ჩამტარებელი ორგანოსაგან მათი პიროვნების კონფიდენციალურობის დაცვა.
3. საქმიანობის განმახორციელებელს უფლება აქვს:
ა) წერილობით მოითხოვოს მის მიერ გადაცემული ტექნიკური, ტექნოლოგიური და კომერციული ინფორმაციის კონფიდენციალურობის დაცვის უზრუნველყოფა;
ბ) წერილობით განაცხადოს გარემოზე ზემოქმედების შეფასების პროცედურისაგან  მისი განთავისუფლების შესახებ, „გარემოზე ზემოქმედების ნებართვის გაცემის წესისა და პირობების შესახებ“ საქართველოს მთავრობის 2005 წლის 1 სექტემბრის №154 დადგენილებით დამტკიცებული დებულების მე-6 მუხლით განსაზღვრული გარემოებების არსებობისას