შიდა აუდიტისა და ხარისხის კონტროლის დეპარტამენტის ძირითადი ამოცანები და ფუნქციები:

ა) ცენტრის საქმიანობის კანონმდებლობასთან შესაბამისობის კონტროლი;

ბ) ცენტრის წინაშე არსებული რისკების დადგენა და შეფასება;

გ) ცენტრის სტრუქტურული ქვედანაყოფების საქმიანობის მონიტორინგი;

დ) ორგანიზაციის სტრუქტურული ქვედანაყოფებიდან საჭირო ინფორმაციის მოპოვება, დამუშავება და არსებული რისკების ანალიზი;

ე) ორგანიზაციის პერსონალის მიერ ფუნქცია-მოვალეობების, შრომითი ხელშეკრულების პირობების, შინაგანაწესის ჯეროვნად შესრულების მონიტორინგი;

ვ) სტრუქტურული ქვედანაყოფების მიერ ორგანიზაციის სახსრების განაწილებისა და ხარჯვის კანონიერების, მიზნობრივი განკარგვის, მატერიალურ ფასეულობათა და სხვა საშუალებათა დაცვისა და გამოყენების კონტროლი;

ზ) სარეკომენდაციო წინადადებების მომზადება გამოვლენილი ნაკლოვანებების აღმოფხვრის მიზნით და მის შესრულებაზე მონიტორინგი;

თ) საჯარო ინფორმაციის გაცემის მონიტორინგი.

ი) ორგანიზაციის ფარგლებში მიმდინარე პროექტების მიმდინარეობაზე საზედამხედველო და ხელშეკრულებით გათვალისწინებული ვალდებულებების შესრულების მონიტორინგი;

კ) ცენტრის ფინანსური ანგარიშგების აუდიტი, რათა იგი იყოს არსებითი უზუსტობებისაგან თავისუფალი, ხოლო ბუღალტრული აღრიცხვა შეესაბამებოდეს საქართველოს ფინანსთა მინისტრის ბრძანებით განსაზღვრული სახელმწიფო ბიუჯეტის დაფინანსებაზე მყოფი ორგანიზაციების ბუღალტრული აღრიცხვის შესახებ ინსტრუქციას;

ლ) ცენტრის მიერ განხორციელებული საქმიანობის ეფექტურობის და ეფექტიანობის ზრდა;

მ) ეფექტური კონტროლის სისტემის შექმნა დარღვევების, ფინანსური უზუსტობების და ცენტრის საქმიანობის არაეფექტურად წარმართვისაგან პრევენციისათვის;

ნ) აუდიტური პროცესების და პროცედურების ჯეროვნად დაგეგმვა და შესრულება ცენტრში არსებული დარღვევების, ფინანსური უზუსტობების და ცენტრის  საქმიანობის არაეფექტურად წარმართვის დროულად აღმოსაჩენად;

ო) მოსამსახურეთა მიერ სამსახურებრივი მოვალეობების შესრულებისა და დისციპლინის დაცვის კონტროლი, სამსახურებრივი გადაცდომის ფაქტებზე რეაგირება, სამსახურებრივი შემოწმების ჩატარება და  დისციპლინური საქმისწარმოება;

პ) ცენტრის წარმოების ხარისხის კონტროლი;

ჟ) კანონმდებლობით გათვალისწინებული შესაბამისი უფლებამოსილებებისა და ცენტრის ხელმძღვანელობის შესაბამისი დავალებების განხორციელებ