შიდა აუდიტის დეპარტამენტის ამოცანები და ფუნქციებია:
ა) ცენტრის საქმიანობის კანონმდებლობასთან შესაბამისობის კონტროლი;
ბ) ცენტრის წინაშე არსებული რისკების დადგენა და შეფასება;
გ) ცენტრის სტრუქტურული ქვედანაყოფების საქმიანობის მონიტორინგი;
დ) ცენტრის სტრუქტურული ქვედანაყოფებიდან, ცენტრის კონტროლს დაქვემდებარებული საჯარო სამართლის იურიდიული პირებისა და ცენტრის მიერ დაფუძნებული კერძო სამართლის იურიდიული პირებისაგან საჭირო ინფორმაციის მოპოვება, დამუშავება და არსებული რისკების ანალიზი;
ე) ცენტრის პერსონალის მიერ ფუნქცია-მოვალეობების, შრომითი ხელშეკრულების პირობებისა და შინაგანაწესის ჯეროვნად შესრულების მონიტორინგი;
ვ) სტრუქტურული ქვედანაყოფების მიერ ცენტრის სახსრების განაწილებისა და ხარჯვის კანონიერების, მიზნობრივი განკარგვის, მატერიალურ ფასეულობათა და სხვა საშუალებათა დაცვისა და გამოყენების კონტროლი;
ზ) სარეკომენდაციო წინადადებების მომზადება გამოვლენილი ნაკლოვანებების აღმოფხვრის მიზნით და მის შესრულებაზე მონიტორინგი;
თ) ცენტრში მოქმედი პროექტების მიმდინარეობაზე საზედამხედველო და ხელშეკრულებით გათვალისწინებული ვალდებულებების შესრულების მონიტორინგი;
ი) ცენტრის ფინანსური ანგარიშგების აუდიტი, არსებითი უზუსტობებისაგან დაცვისა და ბუღალტრული აღრიცხვის, საქართველოს ფინანსთა მინისტრის ბრძანებით განსაზღვრული, სახელმწიფო ბიუჯეტის დაფინანსებაზე მყოფი ორგანიზაციების ბუღალტრული აღრიცხვის შესახებ ინსტრუქციასთან შესაბამისობისობის უზრუნველყოფის მიზნით;
კ) ცენტრის მიერ განხორციელებული საქმიანობის ეფექტურობის და ეფექტიანობის ზრდა: ეფექტური კონტროლის სისტემის შექმნა დარღვევების, ფინანსური უზუსტობების და ცენტრის საქმიანობის არაეფექტურად წარმართვის პრევენციისთვის;
ლ) აუდიტორული პროცესების და პროცედურების ჯეროვნად დაგეგმვა და შესრულება ცენტრში არსებული დარღვევების, ფინანსური უზუსტობების და ცენტრის საქმიანობის არაეფექტურად წარმართვის დროულად აღმოსაჩენად;
მ) მოსამსახურეთა მიერ სამსახურებრივი მოვალეობების შესრულებისა და დისციპლინის დაცვის კონტროლი, სამსახურებრივი შემოწმების ჩატარება და დისციპლინური საქმისწარმოება;
ნ) კანონმდებლობით გათვალისწინებული შესაბამისი უფლებამოსილებებისა და ცენტრის ხელმძღვანელობის შესაბამისი დავალებების განხორციელებ