სპეცქიმიის, უტილიზაციისა და ეკოლოგიის დეპარტამენტის ძირითადი ამოცანები და ფუნქციებია:
ა) ფეთქებადი ნივთიერებებისა და დენთის სინთეზი და ანალიზი;
ბ) საბრძოლო მასალებში არსებული ფეთქებადი ნივთიერებების ვარგისიანობის დადგენა;
გ) უტილიზაციის სამუშაოების დაგეგმვა, უზრუნველყოფა, განხორციელება. უტილიზაციის შედეგად მიღებული ფეთქებადი ნივთიერებების, დენთების და პირონარევების გადამუშავება/განადგურება;
დ) სადემილიტარიზაციო სამუშაობის დაგეგმვა, ჩატარება;
ე) სამხედრო ნაწილების, წარმოებების, ბაზების, რადიაციული და ეკოქიმიური მონიტორინგი, რემედიაციის სამუშაოების დაგეგმვა, რეკომენდაციის გაცემა და უზრუნველყოფა (კომპეტენციის ფარგლებში);
ვ) სპეცქიმიის, უტილიზაციისა და ეკოლოგიის დეპარტამენტში შემავალი სტრუქტურების შრომის დაცვის და უსაფრთხოების ტექნიკის წესების და მოთხოვნების განხორციელება და კონტროლი, რადიაციული უსაფრთხოების უზრუნველყოფა;
ზ) საუტილიზაციო სამუშაოების, ქიმიური და საცდელი ლაბორატორიების, სპეც წარმოების ტექნიკური მომსახურების უზრუნველყოფა;
თ) კანონმდებლობით გათვალისწინებული შესაბამისი უფლებამოსილებებისა და ცენტრის ხელმძღვანელობის შესაბამისი დავალებების განხორციელებ