სპეცქიმიის, უტილიზაციისა და ეკოლოგიის დეპარტამენტის ძირითადი ამოცანები და ფუნქციებია:

ა) ფეთქებადი ნივთიერებებისა და დენთის სინთეზი და ანალიზი;

ბ) საბრძოლო მასალებში არსებული ფეთქებადი ნივთიერებების ვარგისიანობის დადგენა;

გ) უტილიზაციის სამუშაოების დაგეგმვა, უზრუნველყოფა, განხორციელება. უტილიზაციის შედეგად მიღებული ფეთქებადი ნივთიერებების, დენთების და პირონარევების  გადამუშავება/განადგურება;

დ) სადემილიტარიზაციო სამუშაობის დაგეგმვა, ჩატარება;

ე) სამხედრო ნაწილების, წარმოებების, ბაზების, რადიაციული და ეკოქიმიური მონიტორინგი, რემედიაციის სამუშაოების დაგეგმვა, რეკომენდაციის გაცემა და უზრუნველყოფა (კომპეტენციის ფარგლებში);

ვ) სპეცქიმიის, უტილიზაციისა და ეკოლოგიის დეპარტამენტში შემავალი სტრუქტურების შრომის დაცვის და უსაფრთხოების ტექნიკის წესების და მოთხოვნების განხორციელება და კონტროლი, რადიაციული უსაფრთხოების უზრუნველყოფა;

ზ) საუტილიზაციო სამუშაოების, ქიმიური და საცდელი ლაბორატორიების,  სპეც წარმოების ტექნიკური მომსახურების უზრუნველყოფა;

თ) კანონმდებლობით გათვალისწინებული შესაბამისი უფლებამოსილებებისა და ცენტრის ხელმძღვანელობის შესაბამისი დავალებების განხორციელებ