1. დაწესებულებას მართავს დაწესებულების დირექტორი.
2. დაწესებულების დირექტორი დაწესებულებას მართავს მისი მოადგილეების, მთავარი ექიმის, მთავარი ექიმის მოადგილეებისა და დაწესებულების სტუქტურული ერთეულების უფროსების მეშვეობით.
3. დაწესებულების დირექტორს ჰყავს ორი მოადგილე – სამართლებრივი რეჟიმის დარგში და სოციალურ დარგში. დაწესებულების დირექტორის მოადგილეების საკურატორო სფეროები განისაზღვრება მათი თანამდებობაზე დანიშვნის ბრძანებით.
4. სამართლებრივი რეჟიმის დარგში დაწესებულების დირექტორის მოადგილე წარმართავს დაწესებულების სამართლებრივი რეჟიმის განყოფილების საქმიანობას და უშუალოდ ხელმძღვანელობს განყოფილების უფროსის მუშაობას.
5. სოციალურ დარგში დაწესებულების დირექტორის მოადგილე წარმართავს დაწესებულების ადმინისტრაციული და სოციალური განყოფილებების საქმიანობას და უშუალოდ ხელმძღვანელობს დაწესებულების შესაბამისი განყოფილებების უფროსების მუშაობას.
6. დაწესებულების უსაფრთხოებისა და სპეციალური აღრიცხვის განყოფილებები უშუალოდ ექვემდებარება დაწესებულების დირექტორს.
7. დაწესებულების სამორიგეო ცვლას ხელმძღვანელობს ოპერატიული მორიგე, რომელსაც სამსახურებრივი საქმიანობის განხორციელებაში ხელს უწყობს ოპერატიული მორიგის თანაშემწე. ოპერატიული მორიგე და ოპერატიული მორიგის თანაშემწე უწყვეტ რეჟიმში აწვდიან შესაბამის პირებს დაწესებულებაში არსებული ვითარების შესახებ ინფორმაციას, უზრუნველყოფენ სამორიგეო ცვლის საქმიანობის კოორდინაციას, სამორიგეო ცვლის მიღება-გადაბარებას და ასრულებენ საქართველოს კანონმდებლობით გათვალისწინებულ სხვა უფლებამოსილებებს. ოპერატიული მორიგე უშუალოდ ექვემდებარება დაწესებულების დირექტორს. ოპერატიული მორიგის თანაშემწე უშუალოდ ექვემდებარება ოპერატიულ მორიგეს.
8. ოპერატიულ მორიგე და ოპერატიული მორიგის თანაშემწე არიან სპეციალური პენიტენციური სამსახურის ოფიცრები და რიგითები.
9. დაწესებულების დირექტორის მოადგილეების, დაწესებულების მთავარი ექიმის, მთავარი ექიმის მოადგილისა და დაწესებულების თითოეული სტრუქტურული ერთეულის უფროსის უფლება-მოვალეობები განისაზღვრება საქართველოს კანონმდებლობით და „სპეციალური პენიტენციური სამსახურის შესახებ“ საქართველოს კანონის შესაბამისად დამტკიცებული თანამდებობრივი ინსტრუქციი