ბუნებრივი რესურსების ლიცენზირების განყოფილების ამოცანები და ფუნქციებია:
ა) ლიცენზიების გაცემისათვის აუცილებელი დოკუმენტების მიღება, აღრიცხვა და დამუშავება;
ბ) ლიცენზიების გაცემასთან დაკავშირებით აუქციონის ჩატარების ორგანიზება;
გ) სალიცენზიო მოწმობების მომზადება და გაცემა;
დ) აუქციონის გამოცხადების, ლიცენზიის გაცემის, კანონმდებლობით განსაზღვრულ შემთხვევაში მასში ცვლილებების შეტანის და გაუქმების თაობაზე შესაბამისი დოკუმენტაციის მომზადება;
ე) ლიცენზიებთან დაკავშირებული საჩივრისა და სარჩელის ადმინისტრაციული და სასამართლო წესით განხილვის პროცესში მონაწილეობის მიღება;
ვ) კონკრეტული ბუნებრივი რესურსით სარგებლობის ლიცენზიის თაობაზე აუქციონის ჩატარების შესახებ ინფორმაციის გამოქვეყნების უზრუნველყოფა;
ზ) მინისტრის ცალკეული დავალებებისა და მოქმედი კანონმდებლობით გათვალისწინებული სხვა ფუნქციების განხორციელება.