ნარკოტიკების უკანონო ბრუნვის წინააღმდეგ ბრძოლის მთავარი სამმართველოს კომპეტენციაა:
ა) ნარკოტიკული საშუალებების უკანონო ბრუნვის წინააღმდეგ ბრძოლა, სისხლის სამართლის კოდექსის XXXIII თავით გათვალისწინებული ნარკოტიკული დანაშაულის და საჭიროებიდან გამომდინარე სხვა დანაშაულის გამოძიება; ოპერატიულ-სამძებრო და საგამოძიებო მოქმედებების განხორციელება;
ბ) საჭიროებიდან გამომდინარე სხვა მართლსაწინააღმდეგო ქმედების პრევენცია და აღკვეთა;
გ) ნარკოტიკული საშუალებების უკანონო ბრუნვის წინააღმდეგ ბრძოლის მიზნით საქართველოს მიერ დადებული საერთაშორისო ხელშეკრულებებით გათვალისწინებულ პროგრამებსა და დაგეგმილ ღონისძიებებში მონაწილეობა;
დ) საქართველოში ნარკოტიკული საშუალების უკანონოდ შემოტანის, საქართველოდან უკანონოდ გატანის ან ტრანზიტით საერთაშორისო გადაზიდვის ფაქტების გამოვლენა, გამოძიება და აღკვეთა;
ე) ნარკოტიკულ საშუალებებთან დაკავშირებული სამართალდარღვევის შესახებ ოპერატიული ინფორმაციის მიღება და შესაბამისი რეაგირება;
ვ) ნარკოტიკული საშუალებების უკანონო ბრუნვაში ჩართული პირების, მათ შორის გამსაღებელთა დადგენა და მათი დანაშაულებრივი საქმიანობის გამოვლენა;
ზ) ნარკოტიკული საშუალებების საფოსტო გზავნილებითა და ინტერნეტით, მათ შორის მობილური აპლიკაციებით გამსაღებელთა დადგენა და მათი დანაშაულებრივი საქმიანობის გამოვლენა;
თ) უკანონო ბრუნვიდან ამოღებული ნარკოტიკული ნივთიერებების მიღება, აღრიცხვა, შენახვა, კანონმდებლობით დადგენილი წესით შესაბამისი უფლებამოსილი ორგანოსთვის გასანადგურებლად წარდგენა და განადგურების აქტის შედგენა;
ი) მთავარ სამმართველოში შემოსული განცხადებების განხილვა და მათზე რეაგირება;
კ) კანონმდებლობით განსაზღვრული სხვა უფლება-მოვალეობების განხორციელებ