სააგენტოს ვალდებულებებია:
ა) ამ წესის მე-5 მუხლის პირველი პუნქტით გათვალისწინებული პროგრამების შემუშავება და მიღებული მონაცემებისა და შედეგებიდან გამომდინარე შესაბამისი ცვლილების შეტანა;
ბ) ამ წესის მე-5 მუხლით გათვალისწინებული სახელმწიფო კონტროლის პროგრამების განხორციელებაში გამოყენებული საშუალებების შესაფასებლად საჭირო მონაცემების შეგროვება და ამ მონაცემებისა და შედეგების ყოველწლიური წარდგენა საქართველოს გარემოს დაცვისა და სოფლის მეურნეობის სამინისტროსთვის (შემდგომში-სამინისტრო), მათ შორის ნებისმიერი კვლევის შედეგები „ზოონოზისა და ზოონოზური აგენტის მონიტორინგის წესის დამტკიცების შესახებ“ საქართველოს მთავრობის 2017 წლის 5 ივლისის N323 დადგენილებით დამტკიცებული „ზოონოზისა და ზოონოზური აგენტის მონიტორინგის წესის“ (შემდგომში –„ზოონოზისა და ზოონოზური აგენტის მონიტორინგის წესი“) მე-9 მუხლის შესაბამისად განსაზღვრული წესების გათვალისწინებით;
გ) სურსათის საწარმოების რეგულარული შემოწმება და საჭიროების შემთხვევაში, ცხოველის საკვებთან დაკავშირებული საქმიანობის ამ წესით განსაზღვრული მოთხოვნების შესაბამისობის შემოწმებ