ეკონომიკური დეპარტამენტის ფუნქციებია:

ა) სააგენტოს სისტემაში საფინანსო-ეკონომიკური და ბუღალტრული აღრიცხვის ორგანიზება და წარმართვა;

ბ) საფინანსო და საბუღალტრო საქმიანობის ანალიზი, კრებსითი ბალანსების, ანგარიშების მომზადება;

გ) სააგენტოს ბიუჯეტისა და ხარჯთა ნუსხის პროექტების შემუშავება და სააგენტოს თავმჯდომარისათვის წარდგენა;

დ) სააგენტოს ბიუჯეტიდან არსებული და მოსალოდნელი გადახრების კონტროლი და ანალიზისათვის საჭირო სამუშაოების ორგანიზება;

ე) სააგენტოს ძირითადი საშუალებების, ფულადი სახსრებისა და საფინანსო-მატერიალური ფასეულობების ინვენტარიზაციის ჩატარება, საქართველოს კანონმდებლობით დადგენილი პერიოდულობითა და წესით;

ვ) კვარტალური და წლიური საფინანსო და სტატისტიკური ანგარიშების მომზადება და სამინისტროს, სახელმწიფო ხაზინისა და სხვა უფლებამოსილი ორგანოებისათვის წარდგენა;

ზ) სააგენტოს ფუნქციონირების მატერიალურ-ტექნიკური უზრუნველყოფა;

თ) სააგენტოს სახელმწიფო შესყიდვების ორგანიზება;

ი) სახელმწიფო შესყიდვების წლიური გეგმის პროექტის შემუშავება და, ცალკეული შესასყიდი ობიექტის წლიური ღირებულებიდან გამომდინარე, შესყიდვის წესის განსაზღვრა;

კ) სახელმწიფო შესყიდვების განხორციელების თაობაზე რეკომენდაციებისა და წინადადებების მომზადება და ხელმძღვანელობისათვის წარდგენა;

ლ) ტენდერის გამოცხადების ორგანიზება, სატენდერო დოკუმენტაციის მომზადება, მიმწოდებელთან ხელშეკრულებების დადებისა და დადებული ხელშეკრულების შესრულების მონიტორინგის უზრუნველყოფა;

მ) სააგენტოს ბალანსზე რიცხული ქონების, მათ შორის საწყობში არსებული მარაგების მოვლა-პატრონობის უზრუნველყოფ